История Троицкого собора города Подольска началась в августе 1818 г., когда жители города обратились к управляющему Московской епархией архиепископу Московскому и Коломенскому Августину (Виноградскому) с прошением о возведении нового храма:Благочестивые подольчане хотели, чтобы собор был построен в честь победы русского народа в Отечественной войне 1812 г.

Проект нового собора жители Подольска заказали уже известному и авторитетному в то время московскому зодчему Осипу Ивановичу Бове. В архивном деле о построении храма чудом сохранились подлинные проектные чертежи, подписанные архитектором. Проект был представлен архиепископу Августину, который незадолго до своей кончины рассмотрел его и оставил благословляющую резолюцию. От приходского совета и городского магистрата с автором проекта встречались отец Феофилакт Иванов и подольский купец Петр Ефимович Аллилуев.

После кончины архиепископа Августина прихожане Воскресенской церкви Подольска (церковный староста – купец Петр Ефимович Аллилуев) обращаются в июне 1819 г. к митрополиту Московскому и Коломенскому Серафиму (Глаголевскому). Речь идёт о составлении нового проекта Троицкой церкви. Новый проект утвердили и передали купцу П.Е. Аллилуеву 12 июня 1819 года.

Летом приступили к строительству: заложили фундамент и возвели стены под уровень окон. Работы выполняли местные мастера купца Василия Семеновича Стрельцова. Согласно заключенному с ним контракту, постройку планировалось закончить не позднее 1822 г., а стоимость всех работ, не считая материалов, составляла 24 050 рублей.

Уже в 1820 г. имеющихся средств для продолжения строительства оказалось недостаточно и был начат сбор пожертвований. Для этой цели около строящегося храма, на площади при Большой Серпуховской дороге возвели деревянную часовню, которая в 1847 г. была заменена каменной; тогда же на церковной земле построили каменные одноэтажные торговые лавки. Несмотря на то что сбор средств продолжался и в последующие годы, в 1824 г. церковь все ещё была не достроена:

Только 8 сентября 1825 г. был освящен придел Успения Божией Матери. К этому времени деревянный иконостас придела выкрасили в белый цвет, а колонны и резьбу позолотили. До окончания работ было еще далеко; колокола временно развесили на каменных столбах, располагавшихся рядом. В 1827 г. строительство храма подошло к концу, но внутренняя отделка и завершение колокольни оставались делом будущего. Долг прихода составлял тогда 12 000 рублей. К 1831 г. был изготовлен иконостас центрального придела; освящение главного (Троицкого) престола состоялось в 1832 г.

Троицкий собор относится к архитектурным памятникам стиля ампир. Здание состоит из основного четверика и пристроенных к нему алтарной апсиды, прямоугольной трапезной и колокольни. Центральная ротонда, возвышающаяся над основным объемом, прорезана небольшими арочными окнами и завершена полусферическим куполом с главой и крестом. Стоящие по углам четверика небольшие барабаны также имеют главки с крестами. С северной и южной сторон четверика находятся два тосканских четырехколонных портика, завершающиеся фронтоном. Алтарная полукруглая апсида расчленена плоскими пилястрами. Лепной фриз опоясывает все здание. На фасадах расположены живописные изображения.

Трехъярусная колокольня имеет более богатое лепное убранство. Ее нижний ярус украшен с севера и юга трехколонными портиками тосканского ордера с фронтонами, а с запада — четырехколонным. Каждая из четырех сторон второго яруса декорирована двумя колоннами. Третий ярус, отделенный от второго лепным карнизом, украшен с четырех сторон колоннами ионического ордера, над которыми расположены лепной фриз, карниз и фронтон с тимпаном. Завершается колокольня куполом с главкой.

Стены собора сложены из кирпича; цоколь, колонны и элементы декора фасадов белокаменные.

Внутри трапезная расчленена шестью столбами, пространства между которыми перекрыты крестовыми сводами. Арочный проем соединяет трапезную с основной частью храма. Перекрытие алтарной апсиды плоское. Стены внутри украшены масляной живописью.

В 1866 г. в Подольске и уезде свирепствовала холера. По свидетельству очевидцев, «…жертв от заразной болезни с каждым днём всё более и более увеличивалось. Наконец дело дошло до того, что стало недоставать ни гробов, ни могильщиков, чтобы похоронить умерших от лютой болезни. Их принуждены были хоронить в общих братских могилах». Настоятель Троицкого собора протоиерей Николай Косминков проповедовал в храме, напутствуя, ободряя и подкрепляя упавших духом жителей Подольска, провожал в последний путь умерших граждан. Каждый день подвергал свою жизнь опасности заражения страшной болезнью. Наконец, обеспокоенные размерами эпидемии, жители Подольска слезно обратились к Высокопреосвященному владыке Филарету, митрополиту Московскому и Коломенскому, с просьбой разрешить «отпустить из Москвы» чудотворную Иверскую икону Божией Матери.

Владыка благословил принести в Подольск чудотворную Иерусалимскую икону Божией Матери из Бронницкого собора, которая прославилась в Московской епархии многими чудесами и исцелениями. И о чудо! 12 августа (25 по новому стилю) 1866 года, в день встречи образа Царицы Небесной не только не было умирающих от этой ужасной болезни, но даже и заболеваний в этот торжественно-радостный день. С этого дня в нашем городе холера совсем прекратилась. В память этого чудесного избавления от холеры жители Подольска установили обычай ежегодно 12 августа (25 по новому стилю) с великим торжеством и с чувством радости, благодарности и надежды на помощь приносить из Бронниц чудотворный образ. В Троицком соборе поместили список Иерусалимской иконы Божией Матери, установив в воскресные дни служение торжественного молебна с акафистом.

В августе 1882 г. Троицкий собор подготовили к новому освящению после проведенного в нем обновления. Серебряные ризы и иконостас были позолочены, а настенная живопись, выполненная московским художником Варлаамом, поновлена. Освящение храма совершил епископ Можайский Алексий (Лавров-Платонов).

В 1884 г. на службе в Троицком соборе присутствовал Петр Ильич Чайковский. Его восхитило стройное пение хора, состоявшего из местных певчих (руководил хором П. Д Волков): «Очень хорошая церковь, весьма благопристойное пение и служба».

22 ноября 1896 г. Московская духовная консистория издала указ об открытии церковноприходской школы при Троицком храме Подольска. Проект утвердили, и летом 1897 года приступили к её строительству, в основном на средства церковного старосты, подольского купца Якова Николаевича Конаныкина. Председателем комиссии по постройке соборной церковно-приходской школы избрали священника Николая Холмогорова. Летом 1898 года постройку школы закончили и приступили к её оборудованию. Здесь нужно отметить широкую благотворительность попечительницы школы Марии Федоровны Конаныкиной, на средства которой «школа всем снабжена и ни в чем не испытывает недостатка».

1 сентября 1898 г. занятия в школе начались.

Так исполнилась давняя мечта причта и прихожан: теперь у детей из бедных семей появилась возможность получить образование. Школа стала широко известна в Московской епархии. Несколько раз в Подольске проводились съезды учителей церковноприходских школ.

В послереволюционное время здание школы было реквизировано; лишь в начале 1990-х гг. его вернули Троицкому собору. Теперь в нем располагаются учебные классы воскресной школы. В этом же здании находится крестильный храм, освященный во имя священномученика Владимира (Богоявленского), митрополита Киевского и Галицкого. В этом храме не только крестят, но и совершают богослужения для детей-инвалидов с отклонениями в развитии.

12—13 августа 1921 г. подольчане встречали у себя в городе Патриарха Московского и всея России Тихона (Беллавина). Он совершил всенощное бдение и Божественную литургию в Троицком соборе. Публикуем отрывок из письма:

В 1922 году, во время массовой кампании по конфискации церковных ценностей в «пользу» голодающих Поволжья, в Подольске был образован соответствующий комитет. 3 апреля 1922 года «церковный стол» Подольского исполнительного комитета выдал мандат «для изъятия церковных ценностей в церковь Троицкий собор, город Подольск» уполномоченному Карпову. Было вывезено более 3 пудов серебра.

27 апреля 1923 года в «Известиях» опубликовали новую инструкцию НКВД для регистрации религиозных обществ. Согласно новым правилам, для регистрации общинам необходимо было представить следующие документы: протокол общего собрания, устав общества, список общества, список членов исполнительного органа, список пресвитеров, договор на использование зданием и имуществом, опись движимого имущества.

Несмотря на отчаянные усилия безбожников, храмы в Подольске были переполнены верующими. Служба шла во всех церквах города, кроме Скорбященской, которая была закрыта по предписанию Подольского уездного исполнительного комитета. В 1927 году Подольский горсовет разрешил «общине Троицко-соборной церкви постройку сторожки внутри ограды», которую и ныне можно видеть рядом с храмом.

В конце 1920-х—1930-е гг. в Троицком соборе служил священник Петр Ворона, прославленный в лике святых в 2000 г.

С 1930 г. собор Святой Троицы стал единственным действующим в Подольске храмом. Уже в 1935 г. было принято решение о застройке территории, прилегающей к собору. Работы велись в послевоенное время; высокие здания заслонили храм с двух сторон.

К 1941 году большинство храмов Подольского благочиния было закрыто. Действующим оставался лишь собор Святой Троицы, служба в котором продолжалась все годы Великой Отечественной войны.

Старейшие прихожане Троицкого собора вспоминают, что в самые тяжелые дни войны настоятелем храма архимандритом Гавриилом устраивались крестные ходы с молебнами о даровании победы.

В Подольском районе по статистике 1945 года уже числилось 33 бездействующие церки, в числе которых 26 занимали разные службы.

Отношение властей к Троицкому собору не улучшилось: он как бельмо на глазу стоял в центре промышленного областного города. Продолжалась застройка домов завода им. Орджоникидзе. Постановлением Совета министерство РСФСР от 22 мая 1948 года Троицкий собор в Подольске поставили на государственную охрану как памятник архитектуры. Исходя из этого отдел архитектуры Мособлисполкома запретил дальнейшую постройку в зоне охраны памятника, т.е. остановил дальнейшую надстройку заводских домов. Однако, невзирая на это предписание, исполком горсовета Подольска разрешил заводу продолжать дальнейшее строительство жилого дома. Протест отдела архитектуры от 7 сентября 1948 года остался без ответа. Такое слишком близкое соседство храма с жилым строением ничего хорошего не сулило. Позже отец Евпл Орлов жаловался уполномоченному на «хулиганские действия подростков соседнего дома, которые бьют в церкви стекла, портят наружную живопись, забрасывают на территорию церкви камни и другой мусор, и со стороны городской милиции никакие меры не принимаются».

С начала 1950-х годов на страницах советской печати усилилась антицерковная и атеистическая пропаганда. Уполномоченный Совет Трушин в начале 1953 года отмечал, что в число 12 крупных православных приходов Московской епархии (он называл их 1-разрядными) входит Троицкий собор города Подольска, в котором «…церковные службы производятся ежедневно… 18 января, в воскресный день, храм посетило около 800 человек; 15 февраля, в праздник Сретения, около 1500 человек». Настоятель Свято-Троицкого собора протоиерей Евпл Орлов сумел создать сплоченную православную общину. В своих проповедях он убеждал верующих держаться Православия, жить с богом, не бояться житейских трудностей, честно трудиться, не стыдясь имени православного христианина. В храм стала приходить молодежь, находя здесь духовную поддержку в выборе жизненного пути.

В период с октября 1982 г. по июнь 1984 г. проводилась реставрация фресок внутри собора. Было установлено, что при предыдущих поновлениях сильно изменены колорит и построение некоторых сюжетов. Например, на западной стене под сценой «Богоявление» реставраторы обнаружили «Преображение». Цвет фона во всех медальонах изначально был золотым. Композиции, размещенные на сводах, имели «орнаментальное золоченое обрамление». Живописное убранство оконных проемов было полностью переписано, а «полотенца» в стиле XVII столетия в цокольной части стен появились лишь во время последней реставрации. Все поздние записи с фресок были удалены.

В сентябре 1990 года по указу Высокопреосвященнейшего Ювеналия, митрополита Крутицкого и Коломенского, настоятелем Свято-Троицкого собора в Подольске был назначен протоиерей Александр Ганаба. Одним из первых действий отца настоятеля стало возвращение Троицкому собору здания церковно-приходской школы. После ремонтно-восстановительных работ и надстройки здания ещё одним этажом, в 1991 году церковно-приходская Троицкая школа широко открыла свои двери детям и взрослым для духовно-нравственного образования и просвещения. В 1996 году впервые состоялся выпуск учащихся после шестилетнего обучения.

В новом тысячелетии город Подольск впервые удостоился чести принимать Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II.

Воскресным утром 9 сентября 2001 года Святейшего Патриарха встречали на подольской земле Управляющий Московской епархией митрополит Крутицкий и Коломенский Ювеналий, главы города и района — А.В. Никулин и Н.П. Москалёв, председатели общественности, духовенство и многочисленные жители Подольска. В эти дни город отмечал свой 220-й день рождения.

В 2002 г. на базе воскресной школы была создана православная молодежная организация «Протос».

Со 2 по 5 сентября 2005 года в Троицком соборе находился ковчег со святыми мощами святого великомученика Георгия Победоносца, перед которым духовенство постоянно совершало молебны с акафистами святому. Особый дух пребывал в эти дни в городе. Потоками стекались к Троицкому собору жители близлежащих районов, чтобы с благоговением приложиться к великой христианской святыне. Оставив свои дела, тысячи людей с искренней верой выстаивали в очереди к святыне по нескольку часов. Многие приводили с собой детей.

За последние несколько лет в Троицком соборе было проведено множество восстановительных работ: поновлена позолота всех иконостасов и киотов, отреставрированы иконы, промыта настенная живопись; на колокольне размещены новые колокола; вызолочены все купола и главки.