Спустя два с половиной года Сакура стала одной из первых, кто повстречал Наруто после его возвращения.

После того, как из Деревни Песка пришло сообщение о похищении членами Акацуки ставшего Пятым Кадзэкагэ Гаары, на помощь своим соседям из Конохи поочерёдно было направлено две команды — Какаши (Наруто Узумаки, Сакура Харуно) и Гая (Рок Ли, Тэн-Тэн, Нэджи Хьюга). Прибыв в Суну, команда Какаши узнала о серьёзном отравлении Канкуро, вступившего в бой с одним из похитителей, кукольником Сасори. После того, как яд из его тела не смогла извлечь Чиё, бабушка Сасори и одна из величайших ниндзя-медиков, Сакура предложила свою помощь. Навыки, которые она приобрела у Цунадэ, помогли извлечь почти весь яд из тела юноши и минимизировать нанесённый здоровью вред.
В то время, как члены команды Гая сражались с охранявшими логово Акацуки клонами, команда Какаши вступила в битву с членами организации. Разделившись, Какаши Хатакэ и Наруто отправились в погоню за Дэйдарой, а для битвы с Сасори остались Сакура и Чиё. С трудом им удалось победить Сасори, и тот перед смертью рассказал Сакуре о том, что в ближайшее время у него должна была состояться встреча со шпионом, которого он подослал к Орочимару, после того как Саннин был исключён из Акацуки.
Вернувшись в Коноху, Сакура и Наруто невзлюбили нового члена команды Сая, назвавшего Наруто «бесполезным бесполым засранцем», Сакуру — «злобной сучкой», а Саскэ — «гнусным червём». Однако необходимость выполнения миссии по поимке шпиона Сасори вынудила их сосуществовать в обновлённой команде под временным руководством Ямато[3]. Однако они попали в ловушку — вместе с Кабуто, который и оказался бывшим шпионом, их поджидал Орочимару. После того как у Наруто, разозлённого словами Саннина, появился покров демона-Лиса, он, не ведая того, что совершал, ранил Сакуру. После того как Ямато запечатал силу девятихвостого, втроём с Сакурой и Наруто они находят логово Орочимару и Сая, который, как впоследствии оказывается, должен был убить Саске. Начинается сражение, Саске, Орочимару и Кабуто удаётся сбежать.
Во время нападения Пэйна на Коноху Сакура оказывала пострадавшим медицинскую помощь, не принимая участия в сражениях. После вступления Саске в Акацуки намеревается самостоятельно его убить. С помощью Рокa Ли, Сая и Кибы обнаруживает следы Саске и, подобрав нужный момент, усыпляет их, отправляясь в одиночку к своей цели. Встретившись с Учихой, попадает под контратаку, но выживает благодаря подоспевшим Какаши и Наруто.
Во время Четвёртой мировой войны Сакура становится членом Третьей дивизии в качестве медика. Ей же удаётся первой обнаружить одного из многочисленных клонов Белого Дзэцу, проникших в стан союзников.[4] Впоследствии выясняется, что клон был сделан из ДНК Ямато.
Через некоторое время Сакура отправляется на поле боя, чтобы поддержать союзные войска в битве с Тоби и Мадарой. В частности, она спасает Наруто, поддерживая его сердцебиение, после того как из него была извлечена добрая часть Кьюби до тех пор, пока Обито не поместил в Узумаки вторую его половину. После того как вместе с Какаши, Саске и Наруто сталкивается лицом к лицу с Мадарой, активирует Печать Инь на своём лбу, аналогичную той, что в своё время использовала Цунадэ. После активации Мадарой Бесконечного Цукеёми вместе с ними остаётся одной из четырёх ниндзя союзных войск, не погружённых в вечный сон.