Бей Туниса Аль-Хусейн II ибн Махмуд принял решение о создании флага Туниса, близкого по виду к современному, после битвы при Наварине 20 октября 1827 года; в 1831—1835 годах он был официально утверждён.  В таком виде флаг существовал во времена французского протектората, а 1 июня 1959 года был провозглашён государственным флагом Республики Тунис (в соответствии с конституцией страны).  30 июня 1999 года пропорции и дизайн флага были уточнены специальным законом; общий вид флага при этом практически не изменился. Полумесяц и звезда, изображённые на флаге Туниса, являются традиционными символами ислама, а также считаются символами удачи. Полумесяц и звезда были изображены на флаге Османской империи, частью которой являлся Тунис; нынешние символы Туниса отражают эту историческую связь, потому он и похож на флаг Турции. История Точный вид флагов, поднимавшихся на тунисских кораблях до середины XVIII века, неизвестен. Однако различные источники отмечают определённое сходство между ними: все они имели рисунок в виде полумесяца и использовали синий, зелёный, красный и белый цвета.  Затем, со второй половины XVIII века и в начале XIX века флаг составлялся из горизонтальных полос синего, красного и зелёного цветов, символизирующих власть Османской империи над Тунисом. Такие флаги сложной формы с многочисленными полосами поднимались на кораблях по всему побережью Северной Африки; сходные флаги, но других цветов использовались и на континенте.

Согласно Отфриду Нойбекеру, бей Туниса имел личный флаг. Этот флаг был чем-то вроде личного штандарта; он поднимался над дворцом Бардо, крепостью Туниса, на военных кораблях; его изображение было центральной фигурой герба Туниса. Кроме того, он использовался при проведении публичных церемоний — от торжественного провозглашении конституции Османской империи 21 марта 1840 года до низложения бея 25 июля 1957 года. Считается, что он был введён Аль-Хусайном II ибн Махмудом, хотя некоторые источники, такие, как Абдель-Вахаб, утверждают, что он использовался на протяжении трёх предшествовавших Аль-Хусайну столетий. Флаг имел прямоугольную форму и был разделён на девять горизонтальных полос: среднюю — зелёного цвета, вдвое более широкую, чем остальные полосы, и восемь чередующихся полос красного и жёлтого цветов. В центре зелёной полосы изображался Зульфикар, легендарный исламский меч Али, с белым лезвием и многоцветным эфесом. На каждой из красных и жёлтых полос изображались по пять фигур, причём порядок варьировал от полосы к полосе. Эти фигуры можно подразделить на две категории: шестиконечные звёзды со вписанными по их центру кругами (звёзды красного цвета заключали в себе зелёный круг, а белого цвета — синий) и круги, заключающие в себе ещё один круг меньшего размера, чуть смещённый книзу и вправо (большой синий круг — круг красного цвета, а зелёный — жёлтого цвета). При этом на первой жёлтой полосе изображались три красные звезды и два синих круга, на второй (красной) полосе — три зелёных круга и две белые звезды. Третья полоса (жёлтая) была сходна с первой, но центральная звезда на ней изображалась белой, тогда как четвёртая полоса была идентична второй.

Некоторые мусульманские страны южного побережья Средиземного моря использовали красные флаги, аналогичные флагу Османской империи. После того, как тунисский флот был разбит в Наваринском сражении 20 октября 1827 года, правитель Туниса Аль-Хусайн II ибн Махмуд принял решение создать флаг для тунисского флота, отличный от флагов других флотов. Существуют разные мнения о времени принятия этого флага правительством: часть источников утверждает, что это произошло в 1831 году, тогда как другая часть считает, что флаг был принят в 1835 году. С тех пор Тунис имеет флаг, сходный по виду с турецким, прообразом которого послужил флаг Османской империи (поскольку беи Туниса были её вассалами). 

Его отличие от флага Турции заключается в белом круге в центре флага и цвете полумесяца и звезды, изображённых в нём: на турецком флаге белый круг отсутствует, а полумесяц и звезда изображаются белыми на красном фоне. Кроме того, на турецком флаге полумесяц и звезда располагаются не по центру флага, а смещены относительно него.

Во времена протектората над Тунисом французские власти не посягали на тунисский флаг. Однако, согласно статье во «Flag Bulletin», опубликованной осенью 2000 года, на протяжении некоторого непродолжительного времени в крыже флага Туниса помещался флаг Франции.  Этот факт подтверждает и известный вексиллолог Уитни Смит, заявивший, что добавка в виде французского флага была «модификацией неофициального национального флага Туниса, использовавшейся в течение нескольких лет»: Тунис, французский протекторат, сохранил свой национальный флаг как на суше, так и на море. Тем не менее, в конце XIX — начале XX века использовалась неофициальная версия флага с триколором в крыже. В 1925 году вносилось предложение о том, чтобы принять данный флаг в качестве официального, но последствий это не имело. 

В 1974 руководители Ливии — Муаммар Каддафи и Туниса — Хабиб Бургиба согласовали решение об объединении своих стран в единое государство — Арабскую Исламскую Республику.  В конце встречи двух лидеров министр иностранных дел Туниса Махамед Масмуди зачитал совместное заявление двух стран: "Два наших государства образуют единое государство, Арабскую Исламскую Республику, с единой конституцией, флагом, президентом, общими исполнительными, представительными и судебными органами власти. Референдум будет проведён 18 января 1974 года." Однако, столкнувшись с сопротивлением этому решению как внутри страны, так и за её границами, Бургиба отказался от этого проекта, заявив о неконституционности референдума по вопросу об объединении.  Флаг предполагаемого объединённого государства повторял флаг Федерации Арабских Республик, существовавшей с 1972 по 1977 год, с той лишь разницей, что золотой ястреб на нём был заменён тунисским полумесяцем со звездой красного цвета, как это было оговорено в соглашении об объединении: «Флаг: звезда и тунисский полумесяц на средней белой [полосе], красная и чёрная [полосы]».

Точный вид тунисского флага впервые был законодательно определён статьёй 4 конституции страны от 1 июня 1959 года: «Флаг Республики Тунис — красный, имеющий, в соответствии с законом, посередине белый круг с пятиконечной звездой и окружающим её полумесяцем». Органический закон № 99-56 от 30 июня 1999[20], принятый 3 июля Палатой представителей страны, определил тунисский флаг более точно, уточнив статью 4 конституции. Статья 4 конституции оговаривает наличие технического досье, содержащего модель флага, и чертёж с указанием размеров и цветов флага.