Компенсация за задержку заработной платы облагается налогом на доходы физических лиц (НДФЛ) и страховыми взносами.

НДФЛ
При определении налоговой базы учитываются все доходы налогоплательщика (физического лица), полученные им как в денежной, так и в натуральной форме, или право на распоряжение которыми у него возникло (п. 1 ст. 210 НК РФ), а также доходы в виде материальной выгоды, определяемой в соответствии со ст. 212 НК РФ.
Перечень доходов, не подлежащих обложению НДФЛ, содержится в ст. 217 НК РФ.
Выплата денежной компенсации работникам при нарушении работодателем установленного срока выплаты заработной платы относится к мерам материальной ответственности работодателя за нарушение договорных обязательств перед работниками. Такая компенсация не является возмещением затрат работников, связанных с исполнением ими трудовых обязанностей, и не попадает под п. 1 ст. 217 НК РФ. Таким образом, компенсация за несвоевременную выплату зарплаты (включая компенсацию, взысканную с организации-работодателя на основании решения суда) подлежит обложению НДФЛ.
Если организация при выплате работникам указанной компенсации по каким-либо причинам не исчислила и не удержала сумму НДФЛ (например,в судебных актах не произведено разделение сумм компенсации и НДФЛ), организация обязана удержать НДФЛ при выплате работникам текущих доходов в денежной форме и перечислить соответствующую сумму налога в бюджет.
При невозможности в течение налогового периода (календарного года) удержать у физического лица исчисленную сумму налога (в случае увольнения работника) организация обязана в срок не позднее 25 февраля года, следующего за истекшим налоговым периодом, письменно сообщить налогоплательщику (бывшему сотруднику) и налоговому органу о невозможности удержать налог, о суммах дохода, с которого не удержан налог, и сумме неудержанного налога.В этом случае физическое лицо обязано самостоятельно перечислить в бюджет сумму НДФЛ, не удержанного организацией при выплате компенсации (в т. ч. выплаченной на основании судебного акта).
Страховые взносы
Объектом обложения страховыми взносами для организаций признаются выплаты и иные вознаграждения в пользу физических лиц, в частности, в рамках трудовых отношений (ст. 420 НК РФ).
В базу для исчисления страховых взносов не включаются выплаты, указанные в ст. 422 НК РФ. Специальной нормы о включении в перечень не облагаемых страховыми взносами сумм денежных компенсаций работнику за нарушение работодателем установленного срока выплаты заработной платы в ст. 422 кодекса не предусмотрено.
Учитывая изложенное, денежные компенсации, выплачиваемые работнику работодателем, в том числе на основании судебных актов, за задержку заработной платы, подлежат обложению страховыми взносами в общеустановленном порядке как выплаты в рамках трудовых отношений.