Родился в городе Москве. Среднюю школу закончил в поселке Мякит (Магаданская область). Окончил радиотехнический факультет Московского энергетического института (1961), философский факультет университета марксизма-ленинизма (1965). После окончания института работал инженером в НИИ по специальности, позже — руководил исследовательской лабораторией. Кандидат технических наук, специализировался в области электронных систем и математической лингвистики.

Дебютировал в 1964 году двумя фантастическими рассказами: «Кратер» и «Возвращение Сухарева». В течение четверти века написал порядка сорока рассказов, несколько повестей и два романа. Считал себя учеником Леонида Леонова, с которым неоднократно встречался в 1960 — 1970-е годы и от которого получил рекомендацию в Союз писателей.

Если посмотреть отзывы либеральной тусовки от НФ, то можно найти заявления о том, что в начале 70 годов Щербаков получил "одиозную" известность пропагандой "мистицизма и оккультизма, различных псевдонаучных культов — Атлантиды, псевдоисторической «этрускологии».
Это весьма забавно читать, так как "мистицизм и оккультизм", являются ни чем иным как фэнтези. А если уж говорить про атлантологию,  то как тут не вспомнить таких грандов как Конан Дойл, Александр Беляев и многие другие фантасты, писавшие об Атлантиде. Короче говоря, всё это, есть мелкое и злобное, посмертное  обливание грязью неплохого писателя либераснёй, прости господи. Сюда же относятся и заявления о том, что именно Щербаков "завершил идейный разгром советской НФ 1960-70-х годов". при том, что именно в эти годы были опубликованы подавляющее число знаковых произведений НФ..

Ранние мистико-фантастические рассказы Щербакова, ряд которых написан несколько вычурным «былинным» стилем, — «Мы играли под твоим окном...» (1967), «Прямое доказательство» (1969), «Сегодня вечером» (1969), «Мост» (1972), «Красные кони» (1976), «Открытая планета» (1974), «Крылатое утро» (1976) — составили основу сборника «Красные кони» (1976); другие его произведения включены в сборники «Болид над озером» (1986). Очень хорош сборник Щербакова «Третий тайм» (1988).

Щербаков является автором двух весьма неплохих романов - «Семь стихий» (фрагмент 1975 — «Берег солнца»; 1980), неудачно экранизированный в 1984 году; и «историко-лингвистической» фантазии «Чаша бурь» (1985), который "прогрессивные хвантасты" называли навеянной собственными псевдоисторическими изысканиями на тему «этруски — потомки протославян». При этом, те же хвантасты с придыханием вещали о гениальности американских фантастов, выдвигавших подобные же идеи. 

С 1976 года Щербаков работал заместителем главного редактора журнала «Техника — молодёжи», затем сменил Юрия Медведева на посту заведующего редакцией фантастики издательства «Молодая гвардия». С 1981 года член Союза писателей СССР, с 1992 года член Союза писателей России. В 2001 говорил: «Меня записывают в „школу Ефремова“, я с этим не согласен, но и не возражаю».

В 1970—1980-х годах неоязыческие идеи о предках развивались одним из направлений научно-фантастической литературы, представленным такими писателями, как Валерий Скурлатов и Владимир Щербаков. В числе их источников была «Велесова книга» (сочинение, заявленное как текст IX века, но признанное учёными фальсификацией XX века). Жанр научной фантастики подходил для целей неоязычников и уровня подачи ими материала. С одной стороны, их теории не имели возможности попасть в научные издания по причинам идеологической цензуры и несоответствия научным требованиям. С другой стороны, научная фантастика как жанр пользовалась в СССР значительно большей свободой и издавалась существенно большими тиражами, чем научные издания. Редакция издательства «Молодая гвардия» привлекала людей с неортодоксальными идеями, у которых были большие шансы донести их до публики. Литературный критик Всеволод Ревич называл это направление (представителями которого, кроме Щербакова, были Евгений Гуляковский, Юрий Петухов, Юрий Никитин) «нуль-литературой». В 1970-е годы «Молодая гвардия» начала издавать альманахи «Тайны веков» и «Дорогами тысячелетий», где постоянными авторами выступали писатель Валерий Скурлатов и Щербаков, посвятившие свои произведения созданию фантастической истории древних славян. Это направление получило поддержку в ЦК ВЛКСМ, где рассматривалось как средство отвлечь молодёжь от насущных социальных и политических проблем.

В конце 80-х отошел от фантастики, увлекшись изучением загадок прошлого, в том числе Атлантиды и этрусков. Щербаков опубликовал ряд работ в области неакадемических исторических теорий и концепций, выпустил ряд документальных книг, в которых писал о тайнах и загадках исчезнувших цивилизаций, толковал многие аномальные явления (цивилизация крылатых змеев, оружие инопланетян, эликсир бессмертия, ).

В 1986-1991 годах увлекся поиском легендарной Атлантиды. В работах «Все об Атлантиде» и «Где искать Атлантиду?» датировал гибель Атлантиды по времени образования гигантского кладбища мамонтов в Сибири в долине реки Бёрёлёх. По его мнению, мамонты погибли в результате гигантского селевого потока после падения в Атлантику гигантского астероида, который он назвал «Саисским» в память о сообщении саисских жрецов о небесном огне, которое приводит Платон в диалоге «Тимей». Написал так же две повести на эту тему: «Далекая Атлантида» и «Золотой чертог Посейдона», изданной в 1986 году под одной обложкой с книгой Ж.-И.Кусто « В поисках Атлантиды».

В самом начале 1990-х годов построения Щербакова стали более масштабными. Свою «методологию» он называл «метаисторией» (введённый К. Папаиоанну термин «метаистория» означает приукрашенное изображение действительности). Зато залогом непобедимости древних предков, по мнению Щербакова, была славянская языческая вера, основанная на формуле «Явь, Навь, Правь» — триединстве мира людей, духов и богов. Племя русов, или «восточных атлантов», он отождествил с дошумерским населением Двуречья (некоторые подобные идеи он высказывал и раньше). Это племя расселялось по Ливии, долине Нила, Северной Индии и достигло Китая и Японии. Ваны (персонажи скандинавской мифологии) отождествлялись с венетами/венедами и со славянами славянам (точнее, вслед за академиком Б. А. Рыбаковым с вятичам) и первоначально проживали в Малой Азии, а затем широко расселились на западе, включая Западную Европу, и на востоке, вплоть до Парфии. Они названы основателями государства Урарту («Ванское царство»), и «почти все корни урартов и их слова вместе со многими грамматическими формами… совпадают с корнями русского языка и диалектных слов, унаследованных от ванов-вятичей». Щербаков утверждал, что археологи Армении скрывают от мира находки «славянских черепов» на территории Урарту. Жители Боспорского царства, по его мнению, также обладали славянской внешностью. «Ваны-венеды», согласно Щербакову, были единственными творцами цивилизаций «от Ханаана до Дона и Оки; от Галлии и Адриатики до Гималаев и Тибета». Им родственны «арийцы» (асы), или легендарные даваньцы китайских источников, основавшие могущественное государство Парфию с её священным городом Асгардом. Хотя асы и ваны воевали в 309 году н. э., они должны жить в мире и дружбе.

В книге «Встречи с Богоматерью» (1993) Владимир Щербаков описал воплощения Матери богов, среди которых — богиня Фригг. Богиня Идун обладала секретом молодильных яблок, делавших асов бессмертными. Автор, по его сообщению, разгадал секрет и «методами радиофизики и медицинских технологий» создал «нейроген», жидкость, восстанавливающую нейроны, и якобы проверил его на себе. Публиковал об этом статьи в 1998-99 годах в журнале «Оракул», одновременно работая над книгой об этом эксперименте.

В поисках прародины индоевропейцев, Щербаков занимался также исторической локализацией индоевропейских мифов. Работал, в основном, в русле курганной, анатолийской и армянской гипотез, исследуя корни индоевропейцев в Средней Азии времён Древнего мира.

Основываясь на прямых указаниях средневекового собирателя скандинавской мифологии Снорри Стурлусона, Щербаков предположил, что в древности предки северных индоевропейцев пришли из юго-западной Монголии через Среднюю Азию (район плато Устюрт), затем спустились к Копетдагу. В период, описанный в «Эдде», Один и асы входили в сообщество аланов и жили в полиэтнической Скифо-Сарматии. В Копетдаге находились культовые центры, посвященные асам, обожествленным предкам парфян и скандинавов. Там же асы построили Асгард и другие мифологические объекты, которые Щербаков отождествлял с несколькими постройками Парфянского царства в районе древних поселений Нисы и Мансурдепе. Современная археология от определения характера культа в Нисе пока воздерживается.

В 1991 г. Щербаков издал монографию «Асгард — город богов» (с научным приложением). Из-за первой, мифической части, книга часто причисляется к жанру эзотерической фантастики.
В названной работе автор описал Идавелль-поле (поле игр асов), похожее на небольшой аэродром с остатками глинобитного забора (ограды), выяснил характер игры асов с гипсовыми шарами и с сердцевиной из сухой травы, описанный подробно и в Нартском эпосе. Установил местоположение и внутренний вид Валхаллы, замка главного бога-аса Одина, где проводились пиры, а также его сокровищницы, наполненной ритонами и опечатанной жрецами ещё в древности, и огромного винохранилища. Деревья сияющей рощи Гласир, описанной в «Эдде», все листья, ветви и кора которых как из червонного золота, автор отождествил с «пурпурным персиком», особым видом персикового дерева с листьями цвета червонного золота, растущего только в Средней Азии.

В книгах Щербакова приведены древние тамги и руны, изображенные на скалах Монголии. По его мнению, они с незначительными изменениями повторены в исторических памятниках Исландии. Автор назвал эти руны «рунами богов».

За сценарий документального фильма о биополе «Невидимая жизнь леса» (Киевская студия научно-популярных фильмов) ему присуждена премия на XI Всемирном кинофестивале «Экофильм-84» в Острове.

Являлся членом Союза писателей России (1992), членом-корреспондентом Международной академии информатизации, с 1998 года — президентом Московского клуба тайн. В 2000 году стал одним из инициаторов проведения I съезда атлантологов России. А в 2003 году на II Российском съезде атлантологов Владимиру Щербакову была присуждена почетная степень доктора атлантологических наук. Скончался в 2004 году в Москве на 67-м году жизни.