Речной окунь — сумеречно-дневной хищник, который охотится в светлое время суток с пиком активности на границе дня и ночи.

Ночью активность окуня резко снижается[41]. Основным фактором, влияющим на активность и рост окуня, является температура воды[101][102]. Также на активность окуня влияют продолжительность светового дня, структура пищевого рациона[101], содержание кислорода в воде. У окуня наблюдается существенное изменение интенсивности обменных процессов как при повышении, так и при понижении содержания кислорода в воде[103].
В глубоких озёрах летом даже крупный окунь старается держаться на меньших глубинах, чем зимой; так, в Боденском озере (с максимальной глубиной 254 м) взрослый окунь летом наблюдается в основном на глубинах от 5 до 25 м[96].
В летний период окунь предпочитает места, где снижение уровня кислорода в воде менее чувствительно. Установлено, что на вертикальное распределение окуня в водоёме с июля до наступления осеннего похолодания большое влияние оказывает термоклин[41].
Летом окунь может совершать короткие нагульные миграции; например, отмечено перемещение окуня из рек Ока и Пра в озёра Мещёрской низменности для поедания местной молоди. При наступлении зимы окунь возвращается в реки, имеющие более благоприятные условия[50].
Осенью окуни собираются в большие стаи (численностью в крупных водоёмах до тысячи и более особей[98]), которые мигрируют на более глубокие и открытые места[99]. В водохранилище в зимний период окунь концентрируется на русловых участках, ограниченных бывшими берегами запруженной реки. В холодное время года окунь держится в придонной части водоёма. Глубина, на которой располагается зимой окунь, может быть весьма значительной, например, в Боденском озере большая часть окуней собирается на глубине от 42 до 69 м[96].
Смертность среди молоди речного окуня в течение зимы по сравнению с жёлтым окунем менее изучена, но известно, что она выше, чем у обыкновенного ерша[104].
Зимой окунь также активен в светлое время суток с повышением активности в сумеречные часы и отсутствием активности в ночное время. В Боденском озере отмечен всплеск активности окуня в районе полуночи, когда окунь в массовом порядке поднимается из придонной части в толщу воды (на глубину примерно в 20 м от водной поверхности)[41].