В Чудовом монастыре был погребен его основатель - св. митрополит Алексий. Его мощи покоились в соборе во имя Чуда Архистратига Михаила, а в 1686 году их перенесли в специально построенную в монастыре церковь во имя св. Алексия митрополита. На протяжении многих лет Чудов монастырь играл видную роль в русской истории. В 1382 году монастырь был разорен войсками Тохтамыша. В 1441 году здесь был заключен низложенный митрополит Московский Исидор, вернувшийся с Флорентийского собора, на котором он и представители Русской Православной Церкви согласились с введением унии на Руси. Это, однако, одобрения в Москве не вызвало, и Исидор был низложен и заточен в Чудовом монастыре. Но Исидору удалось бежать из заключения. В 1504 году в Чудовом монастыре находился в заточении выдающийся просветитель, борец с ересями митрополит Новгородский Геронтий, лишенный сана. В 1515 году такая же участь постигла старца Вассиана Косого (Патрикеева). По преданию, иноком Чудова монастыря был самозванец Григорий Отрепьев (этот факт, пожалуй, следует считать легендарным). В 1610 году в Чудовом монастыре был насильно пострижен в монахи свергнутый царь Василий IV Шуйский. Спустя два года в келье Чудова монастыря погиб от голода Патриарх Гермоген, ввергнутый в узилище поляками.

Архистратиг Михаил Своего расцвета Чудов монастырь достиг в начале XVII века, когда его называли Великой лаврой. При Патриархе Филарете здесь было открыто греко-латинское училище. В 1666 году в Чудовом монастыре собором патриархов и епископов был низложен знаменитый Патриарх Московский Никон. В 1771 году, во время чумного бунта в Москве, монастырь был разграблен москвичами. Во время Отечественной войны 1812 года, когда Москва была захвачена французами, Чудов монастырь сильно пострадал. Здесь находился штаб Наполеона. Мощи свт. Алексия были осквернены и выброшены из раки, а в алтаре собора во имя Чуда Архистратига Михаила была устроена спальня маршала Даву. В Чудовом монастыре находились гробницы многих исторических деятелей. Здесь были похоронены митрополиты Московские Феодосии и Афанасий, последний казанский царь Едигей, во святом крещении Симеон (ум. в 1565 году), известный церковный деятель XVII века Епифаний Славинецкий - «муж многоученый, аще кто ни таков во времени сем, не только грамматики и риторики, но и философии и самыя теологии известный бысть испытатель и искуснейший разсудитель, и опасный протолковник еллинскаго, славянскаго и польскаго языков». В монастыре были похоронены представители многих княжеских и боярских фамилий: сват царя Алексея Михайловича боярин И.И. Морозов, князья Трубецкие, Хованские, Оболенские, Куракины, Щербатовы. В ризнице монастыря хранились богатые вклады московских царей, великих князей и бояр, а библиотека монастыря, в которой имелось множество древних редких книг, являлась одним из самых значительных книгохранилищ России. В монастыре были четыре храма. Собор Чуда Михаила Архангела был построен в 1501 году на месте разобранного древнего храма. Алексеевская каменная церковь, возведенная в 1483 году, несколько раз горела и перестраивалась. В ней на протяжении столетий неизменно совершалось крещение царских детей. Здесь крестились дети Ивана Грозного, в 1629 году здесь был крещен будущий царь Алексей Михайлович, в 1672 году - Петр I, в 1818 году - император Александр II. Стены церкви украшали трофеи русских войск, захваченные во время русско-персидской войны 1826 года. В Алексеевской церкви покоились мощи св. митрополита Алексия. Рядом с гробницей свт. Алексия хранилось его облачение, по преданию, подаренное ханшей Тайдулой. В 1905 году в подклете Алексеевской церкви был похоронен великий князь Сергей Александрович, убитый террористом Каляевым. Останки великого князя были случайно обнаружены во время земляных работ в 1985 году, спустя десять лет их перенесли в фамильную усыпальницу Романовых в Новоспасском монастыре. К Алексеевской церкви примыкал храм Благовещения, построенный в 1501 году и перестроенный в 1826 году. В Благовещенской церкви хранилась местночтимая икона свт. Николая Чудотворца. Четвертая, небольшая, монастырская церковь была посвящена св. апостолу Андрею Первозванному. Чудов монастырь был разрушен в 1930 году. Соборный храм в честь Чуда архистратига Михаила в Хонех был разрушен в ночь на 17 декабря 1929 г. - потребовалось место для размещения военной школы, где проходили обучение кремлевские курсанты. Об этом сохранилось свидетельство современников, сотрудников Центральных государственных реставрационных мастерских, командированных в Московский Кремль: явившись 17 декабря 1929 г. на работу, они «нашли храм взорванным и представляющим кучу строительного мусора». Оставленные на подмостях две фрески XVI в., аккуратно снятые реставраторами со стен накануне, были также уничтожены.

Чудов монастырь в Москве (электронная реконструкция)