В апреле 1808 г. русские войска овладели важной стратегической крепостью Свеаборг, после чего война приняла явно затяжной характер, поскольку русским войскам пришлось постоянно отбивать шведские десанты на Аландские острова. В декабре 1808 г. Александр I, крайне удрученный ходом всей кампании, сместил генерала Ф.Ф. Буксгевдена с занимаемой должности и назначил новым главкомом русских войск генерала Б.Ф. Кнорринга. Однако и он не проявил инициативы, и тогда в феврале 1809 г. на театр боевых действий прибыл сам военный министр, генерал от артиллерии граф А.А. Аракчеев, который потребовал от генерала Б.Ф. Кнорринга начать решительное наступление против шведов. В марте 1809 г. русские корпуса под командованием генералов Я.П. Кульнева, М.Б. Барклая-де-Толли и П.А. Шувалова, перейдя Ботнический залив, вступили на территорию самой Швеции и стали стремительно продвигаться к Стокгольму. В этой ситуации в шведской столице произошел государственный переворот, в результате которого Густав IV Адольф отрекся от престола, и новым шведским королем стал ставленник аристократии его слабоумный дядя Карл XIII, от имени которого генерал Г.К. Дёбельн подписал с генералом П.А. Шуваловым первое перемирие. В апреле 1809 г. боевые действия были возобновлены, но новый главком русских войск генерал от инфантерии М.Б. Барклай-де-Толли разбил шведов под Умео и Гернефорсом и заставил неприятеля сесть за стол переговоров. В сентябре 1809 г. был подписан Фридрихсгамский мирный договор, по условиям которого к России отходили вся Финляндия и Аландские острова, а Швеция присоединялась к континентальной блокаде Англии. Еще до окончания войны, в марте 1809 г. финский сейм, созванный в городе Борго, определил статус бывшей шведской провинции как автономного великого княжества Финляндского, главой которого становился русский император. От имени монарха этой территорией управлял его наместник, который одновременно был главой исполнительной власти княжества — Правительствующего совета (сената). Законодательную власть в Финляндии осуществлял двухпалатный сейм, без согласия которого русский император не мог принять или отменить ни один закон. Финляндия сохраняла свою конституцию и все основные привилегии, существовавшие в составе Шведского королевства. Первым генерал-губернатором Финляндии был назначен генерал М.Б. Барклай-де-Толли, который оказался столь искусным управленцем, что буквально через год, в январе 1810 г. был назначен военным министром империи. Континентальная блокада Англии, сильно бившая по национальным интересам России, стала камнем преткновения во взаимоотношениях с Францией. Поэтому в октябре 1808 г. по инициативе самого Наполеона в Эрфурте состоялась его встреча с Александром I, где была подписана Эрфуртская конвенция, по условиям которой были не только подтверждены все прежние тильзитские договоренности, но и заключен военный союз между Россией и Францией.