4 августа 1948 г. Постановлением Совета Министров СССР в г. Калининграде образовано 2-е Балтийское высшее военно-морское училище (контр-адмирал А.М. Филиппов) для подготовки вахтенных офицеров надводных кораблей с 4-летним сроком обучения (с 1998 г. Балтийский Военно-морской институт, с 2009 г. является филиалом ВУНЦ ВМФ «Военно-морская академия ).

История этого известного не только в России военного учебного заведения берёт своё начало от Бакинского военно-морского подготовительного училища (БВМПУ), передислоцированного в 1947 году в Калининград. Разместилось училище в одном из хорошо сохранившихся, несмотря на бомбёжки и артобстрелы, зданий на Советском проспекте. Вскоре после переезда (24 ноября 1947г.) оно было переименовано в Калининградское ВМПУ (КВМПУ). Возглавил его контр-адмирал Андрей Михайлович Филиппов. Опытный и авторитетный на флоте человек, он в годы войны командовал 1-й Севастопольской бригадой торпедных катеров, Североморской военно-морской базой.

В апреле 1949 года состоялась первая учебная практика курсантов на боевых кораблях 4-го флота. В 1951 году в училище образованы штурманский, артиллерийский и минно-торпедный факультеты.
2 октября 1952 года состоялся первый выпуск лейтенантов, окончивших ВВМУ в городе Калининграде.
В период с 3 мая 1954 года по 7 апреля 1969 были проведены целый ряд реорганизаций и переименований училища (в Балтийское высшее военно-морское училище, в Балтийское высшее военно-морское училище подводного плавания с инженерно-гидрографическим и штурманским факультетами, в 58-е флотские офицерские курсы по программам подготовки командиров БЧ-1 и начальников РТС ракетных катеров и малых ракетных кораблей (1965), создание на базе расформированного училища Курсов офицерского состава запаса ВМФ (1960), создание филиала ВВМОЛКУ им. Фрунзе в г. Калининграде (1967).

7 апреля 1969 года было образовано Калининградское высшее военно-морское училище в составе штурманского и артиллерийского факультетов. Училище начало свое развитие. Были созданы факультеты радиосвязи, ракетного вооружения, образована кафедра радиоэлектронной борьбы.

6 ноября 1997 года начало преобразование Калининградского высшего военно-морского училища в Балтийский военно-морской институт, а 20 июня 1998 года приказом ГК ВМФ № 224 установлена дата годового праздника Калининградского ВВМУ - 1 сентября.
31 октября 1998 года в соответствии с постановлением Правительства РФ № 1009 от 29 августа 1998 года проведен торжественный ритуал преобразования Калининградского ВВМУ в Балтийский военно-морской институт.
1 августа 1999 года при Балтийском ВМИ открыта школа техников и уже 1 сентября начато обучение курсантов Военно-морского колледжа.
31 августа 2000 года при БВМИ сформирована кадетская школа-интернат «Андрея Первозванного Кадетский морской корпус» - государственное образовательное учреждение.
4 октября 2000 года состоялось торжественное открытие Калининградского регионального отделения Академии военно-исторических наук при БВМИ.

В мае 2003года начальником БВМИ стал выпускник КВВМУ (1975г.) Дмитрий Владимирович Комков, возглавлявший до нового назначения управление боевой подготовки БФ.

В настоящее время в состав института входят четыре факультета, школа техников, 21 кафедра, отделение подготовки и обучения иностранных специалистов, курсы офицерского состава. Институт располагает уникальной учебно-лабораторной базой. В стенах института служат и работают более 250 человек профессорско-преподавательского состава, из них 109 ученых, в том числе 12 докторов наук и профессоров, обучаются более 2000 курсантов и слушателей. Идет процесс создания многопрофильного учебно-научного комплекса, обеспечивающего подготовку военных кадров различных уровней и профилей для удовлетворения потребностей ВМФ и силовых структур.

За 64 года существования вмуза более 50 его выпускников стали видными флотскими военачальниками. Это — адмирал И.Ф.Васильев (выпуск 1967г.), вице-адмирал В.Н. Апанович (1976г.), вице-адмирал А.И.Бражник (1971г.), вице-адмирал В.И.Литвинов (1960г.), контр-адмирал Ю.Ю.Аристович (1954г.), контр-адмирал А.Д. Клецков (1978г.) и многие другие.

За истекший период и этапы своего развития Балтийский военно-морской институт произвёл 46 выпусков офицеров и 6 выпусков мичманов — всего более 14 тыс. специалистов флота, многие из которых стали адмиралами, командирами соединений, частей, кораблей, флагманскими специалистами, учёными, общественными деятелями, специалистами отечественной промышленности и крупными руководителями. Среди выпускников института (училища) Герой Советского Союза контр-адмирал Андрей Павлович Катышев и Герой России капитан 1 ранга Олег Иванович Васюта. Более тысячи выпускников награждены боевыми наградами. Из года в год Балтийский ВМИ занимает лидирующие места среди ввмузов.