После гибели Третьего Хокаге в сражении с Орочимару, перед старейшинами Конохи встал вопрос о выборе нового Хокаге.

Эта должность была предложена Джирайе, однако тот отказался, сославшись на то, что есть более достойный кандидат — Цунаде. Он вместе с Наруто отправился на её поиски, параллельно начав обучение мальчика технике Расенган. В то же время её нашёл Орочимару вместе с подручным Кабуто и предложил ей оживить Наваки и Дана в обмен на то, что она излечит руки Змеиного Саннина от травм, нанесённых Третьим Хокаге, и дал ей на размышление некоторое время. Вскоре её обнаружили и Джирайя с Наруто и предложили ей возглавить Коноху, однако она в резкой форме отказалась. Наруто, оскорблённый таким поведением, вызвал Цунаде на бой, но быстро проиграл. Тем не менее она пообещала, что признает мечту мальчика стать Хокаге, если тот сможет овладеть Расенганом за неделю, и кроме того, подарит ему ожерелье, ранее принадлежавшее Хашираме Сенджу. После того, как время для раздумий истекло, Цунаде, предварительно напоив Джирайю, чтобы тот не мог вмешаться, отправилась на встречу с Орочимару. Передумав в последний момент, она под видом лечения попыталась атаковать Змеиного Саннина, однако тот уклонился. Тем не менее, на помощь в битве ей пришли обессиленный Джирайя, Шизуне и Наруто. Каждый из легендарных Саннинов призвал для боя своё существо: Цунаде — слизня Кацую, Джирайя — жабу Гамабунту, а Орочимару — змею Манду. После того, как Цунаде была сильно ранена, Шизуне и Наруто для помощи ей вступили в бой с Кабуто. Когда казалось, что Якуши одержал верх, Наруто использовал против него Расенган. В итоге после отчаянного сражения Орочимару и Кабуто пришлось отступить. Цунаде же сдержала своё обещание — передала Наруто ожерелье Первого Хокаге, а сама, в свою очередь, согласилась возглавить деревню. Прибыв в Коноху она излечила раненых Рока Ли, Какаши и Саске, после чего взяла в ученики Сакуру.
Вторая часть
Спасение Кадзекаге
Два с половиной года спустя начали появляться большие проблемы. Её размолвки со старейшинами Конох Хомурой и Кохару стали всё более очевидными.
Саске и Сай
Она переформировала команду Какаши — временным лидером стал её доверенный, член АНБУ, Ямато, однако используя власть, Данзо удалось протолкнуть в группу своего человека — члена Корня АНБУ, Сая. Взбешённая Цунаде приказала Ямато тщательно следить за ним.
Бессмертные опустошители Хидан и Какузу
Преследование Итачи
После получения сведений о том, что лидер Акацуки находился в Деревне Дождя, Джирайя высказал Цунаде желание отправиться туда в одиночку. Несмотря на душевную тревогу (которая показывает, что она к нему теперь не равнодушна), Цунаде позволила ему это.
HealingChakraTransmission
Цунаде поддерживает шиноби Конохи во время нападения Пэйна
Нападение Пейна
Практически сразу после новости о гибели Джирайи на Коноху напал Пейн. Цунаде отправила разделившуюся на множество частей Кацую к каждому жителю города для координации обороны и мероприятий по лечению раненых. Использовавшая практически всю чакру, она, ослабленная, впала в кому, приобретя истинный облик старушки.
Изолирование джинчурики
Вскоре Цунаде пришла в сознание, вернув прежнее лицо, узнала о том, что на Совете пяти Каге было объявлено о создании Альянса Шиноби.
Четвёртая мировая война Шиноби
После того,как мозговой центр Альянса был оповещен о том, что Кира Би и Наруто прорвались через защитный барьер на острове и бегут в направлении поля боя, Райкаге решил немедленно последовать туда,с целью остановить Джинчуурики любой ценой. Хокаге последовала его примеру, так как считала,что Наруто идёт прямо в руки Мадаре. После разговора с Наруто Цунаде решает встать на его сторону,тем самым бросая вызов Райкаге. Райкаге напоминает ей, что она невезучий игрок так что глупо ставить на Наруто.Но вера Хокаге в волю Наруто непоколебима. Вскоре после проверки Райкаге на скорость Наруто Хокаге и Райкаге позволяют Би и Наруто идти дальше.Узнав от мозгового центра альянса, что настоящий Мадара в игре, Хокаге немедля попросила Мабуи (секретаря Райкаге) переместить её на поле боя её сверх быстрой телепортационной техникой и на все возражения Мабуи она ответила указав пальцем на метку на лбу:Пока у меня есть это,я буду жить. Райкаге отправился с ней. Мадара,назвав Цунаде недостаточно хорошей для наследницы первого Хокаге и укорив Цунаде за то, что она не знает техник подобных своему деду, который регенерировал себя без печатей, был в полном шоке, от того,что продемонстрировала ему Принцесса Цунаде. Полное исцеление без складывания печатей. Цунаде ответила на вызов Мадары лишь: "Ты прав, я может и не владею техниками столь высокого уровня,как мой дед,но зато у меня есть то,чего нет у тебя. И этим я собираюсь надрать твой зад." А нет у тебя воли огня." После того,как Мадара победил всех Каге (которые находились уже на пределе) в чувствах была одна лишь Цунаде, которая использовала секретную технику, не требующую печатей. Но Мадара сделал последнюю атаку,от которой её спас её возлюбленный Дан, воскресший благодаря запрещённой технике Эдо-Тенсей. От Чоузы Акимичи,Дан узнал,что Цунаде теперь Хокаге и сражается с Мадарой.Дан сказал, что возможность победить Мадару была только у первого Хокаге. Ведь Хаширама Сенджу был самым великим из Шиноби. Дан знал особые техники,которые позволили ему освободить душу и переместиться в желаемом направлении. Он защитил Цунаде и его последними словами было: "Цунаде, ты ничуть не изменилась. Звучит странно,но я рад, что меня воскресили с помощью этой техники.Я наконец смог увидеть тебя снова. Я рад, что ты исполнила мою мечту и Наваки.Мы ещё увидимся на том свете. Но ты тоже моя мечта,так что не спеши сюда".
1394561054 kage-protiv-madary
Пятеро Каге против Мадары
Grtfv86
Прощание воскрешенного Дана с Цунаде
Возрождение Десятихвостого
После этого. Глаза наполненные слезами обрели решимость и Цунаде вызвала Кацую, приказав ей поднести остальных Каге. Сказав, что себя она подлатать успеет, но хочет помочь им. Ведь ещё не поздно.
Через некоторое время Орочимару, Карин и Суйгецу, поддержавшие Саске в его новом стремлении защитить Коноху, прибывают на поле брани и помогают Цунаде восстановиться, а также восстановить остальных Каге. Все пятеро Каге поспешили присоединиться с Объединенному Альянсу Шиноби, который на тот момент сражался против Обито-Джинчуурики Шинжу. Цунаде удается встретиться со своим дедом Сенджу Хаширамой, воскрешенным с помощью Эдо Тенсей Орочимару. Тот приносит извинения за то, что оставил решать многие ошибки прошлого своим внукам, однако Цунаде отмечает, что его мечты и его убеждения все равно достигли сердец даже нынешнего поколения. Вместе они ведут Альянс Шиноби в бой против Шинжу, и, наконец, вместе с Наруто вытягивают Биджуу из Обито, тем самым побеждая его.
Бесконечное Цукуеми
Tsunade trapped
Тсунаде в плену Бесконечного Цукуеми.
Далее Цунаде, как и весь Альянс, вынуждены наблюдать, как Мадара благодаря черному Зецу воскрешает себя с помощью Ринне Тенсей но Дзюцу и, повторно запечатав всех Биджуу в Гедо Мазо, снова возрождает Джуби и запечатывает его в себе.Также и появляется новый враг - ей, равно как и остальным Каге и Альянсу пришлось противостоять Спиральному Зецу, использующему в качестве оружия огромную древесную статую, владеющую всеми пятью стихиями. Сражение закончилось, как только Мадара активировал Муген Цукуёми, в которое попались все, не считая команду №7 и воскрешенных Хокаге, в том числе и Цунаде. Внутри этой иллюзии она видит исполнение своих сокровенных желаний: она - вместе с Даном, который не только жив, но и стал Хокаге, Наваки также жив и здоров, да и Джирайя с Орочимару остались в деревне: и, Джирайя, как обычно, приводит в ярость ее, пытаясь тайком подарить Наваки одну из своих извращенских книжек.