Многолетние исследования доказали влияние диет/питания, болезней, приёма лекарств на состав микробиоты.

Так, например, высокое потребление углеводов очень тесно связано со снижением разнообразия микробиома и преобладания токсичной микрофлоры.
Снижение разнообразия микробиома отмечалось также у пациентов с синдромом раздраженного кишечника.
Разнообразие микробиома увеличивалось при употреблении овощей, фруктов, злаков, кофе, чая.
Микробиом участвует в выработке нейромедиаторов: серотонина, дофамина, норадреналина, гистамина... Особая роль микробиоты в поддержке и функционировании иммунной системы.
Микробиом вовлечен в патогенез заболеваний:
- сахарный диабет 1 и 2 типов;
- ожирение;
- колоректальный рак;
- болезнь Крона