Вход в пещеру расположен на высоте около 2250 м над уровнем моря в урочище Орто-Балаган. Карстовая пещера субвертикального типа, представляет собой череду колодцев, соединённых между собой перелазами и галереями. Самые глубокие отвесы: 115, 110, 152 м. На глубине 200 м пещера разветвляется на две главные ветви: Некуйбышевская (нынешняя (2008 г) глубина 1293 м) и Основную ветвь (нынешняя глубина 2191 м). Начиная с глубины 1300 м основная ветвь разветвляется на множество других ветвей. В донной части известно более 8 сифонов (расположены на глубинах от 1400 до 2190 м). Пещера заложена в известняковой толще, причём донная часть от глубины 1600 м заложена в известняках чёрного цвета. Водами пещеры Крубера-Воронья питается самая короткая река в мире — Репруа.

Много десятилетий пальма первенства в звании самой глубокой пещеры принадлежала французским пещерам Пьер Сен Мартен и Жан Бернар, уходящим в недра земли на 1600 с лишним метров. Однако в 1960 году произошло событие, которое постепенно стало лишать их лидерства. Спелеологи, работавшие в Абхазии на массиве Арабика, обнаружили никому не известную ранее пещеру. В тот год им удалось спуститься всего на 150 метров, что, разумеется, не только не давало права назвать новую пещеру самой глубокой, но и даже причислить ее к самым глубоким пещерам мира. Единственное, что смогли сделать спелеологи, так это дать новой пещере название - пещера Крубера в честь основоположника русской и советской карстологии (науки о воздействии вод на горные породы) Александра Крубера.

Затем началась долгая история, напоминающая аукцион, которая происходит с любой пещерой после открытия: каждая очередная спелеологическая экспедиция заявляла о выходе на новую глубину - 210, 340, 710 метров... Стоит отметить, что как раз на отметке 340 метров пещера Крубера получила новое название - Воронья. В дальнейшем оба этих неофициальных названия объединились в одно официальное - Крубера-Воронья.