Как правило, из переписки исчезают сообщения, написанные более года назад. Других закономерностей не обнаружилось — они пропадают из переписки случайным образом. Есть вероятность, что сообщения пропадают при загрузке резервной копии, хранящейся в Google Drive и iCloud. Возможно, в ней появились баги. Мессенджер знает о проблеме и работает над решением. Возможно, переписки будут полностью восстановлены.