В серии Mortal Kombat традиционно присутствовали скрытые персонажи и уровни, и Mortal Kombat X - не исключение. Как стало известно, разработчики спрятали от игроков несколько уровней, которые можно открыть в режиме Крипта. В настоящий момент известно только 3 секретных уровня Крипта, которые можно открыть; Мертвый лес [Dead Woods], Рынок Внешнего мира [Outworld Marketplace] и Дворец Куатан [Kuatan Palace]. Все они открываются достаточно просто во время путешествия по Крипту. Главное-знать расположение того или иного объекта, из которого выпадает ключ, и запастись достаточным количеством монет.