В 1927 году самолёт "Ю–13" под управлением финского пилота Теодора Суопио совершил посадку в Бишкеке.
Однако принято считать, что история киргизской авиации берёт начало с 1933 года, когда был основан первый аэропорт в деревне Папеновка. Парк самолётов тогда состоял из трёх У-2 сельхозназначения. В том же году самолёт У-2, перелетев через горные хребты Кунгей и Кыргызский на высоте 3500 м, открыл трассу Фрунзе — Рыбачье — Пржевальск.
Позже начала свою работу воздушная линия Пишпек — Ташкент — Алма-Ата.

Бурное развитие гражданская авиация Киргизии получила в 1960-е годы. Начинают эксплуатироваться самолёты Ил-18 и Ан-24, происходит бурный рост технической оснащённости. В последующие годы были возведены многочисленные объекты служб аэропортов городов Фрунзе, Оша, жилые дома, расширены аэровокзалы во всех аэропортах внутренних воздушных линий.
По инициативе и содействии первого киргизского пилота, заслуженного пилота СССР Ишембая Абдраимова в 1973 году было открыто Фрунзенское авиационно-техническое училище гражданской авиации, впоследствии переименованное в авиационный колледж им. Абдраимова.

Сейчас в стране действуют шесть международных аэропортов и около 10 авиакомпаний. В будущем году должен быть введён в строй новый аэровокзал аэропорта Бишкека.