Император Карл V считал герцога Альбу "лучшим, из всех, кто есть в этих королевствах", когда дело касалось войны или дипломатии, но специально исключил его из числа советников своего сына.

Он писал ему в наставлениях: «Лучше всего не привлекать грандов к управлению королевством, поэтому я не хотел включать герцога [в совет], хоть это и немало обидело его. С самого начала я понял, что его амбиции велики, и он стремился стать настолько могущественным, насколько это возможно, даже хотя на первый взгляд он казался коленопреклонённым, таким смиренным и скромным; поэтому просто подумай, как он будет поступать в твоём окружении, сын мой, поскольку ты младше. Ты должен избегать назначения его или других грандов во внутренние круги управления, потому что они будут стараться воспользоваться тобой любым способом, и это дорого тебе обойдётся со временем».
Филипп последовал совету отца и никогда не допускал ни Альбу, ни других грандов к рычагам власти. Однажды на заседании совета он спросил у герцога Альбы что-то о войне с Францией, и герцог со своим обычным пылом ответил, что если он и император ещё будут живы, то вскоре разберутся с Францией. Филипп на это очень тихо, но с большим достоинством ответил: «Кроме императора я никому не уступлю. По моему мнению, любой, кто не понимает этого, и хвастается в моём присутствии, либо не знает меня, либо пытается разозлить меня». С этими словами он повернулся к герцогу спиной, и тот больше не сказал ни слова.
Альба о ситуации после отречения Карла V: «Нам нужны деньги или мир, одно или другое, иначе всё рухнет».
В 1570 г. Филипп приказал герцогу Альбе, генерал-губернатору Нидерландов, приготовиться возглавить вторжение, которое свергнет Елизавету Тюдор и заменит её Марией Стюарт. Король признавал, что разум говорит ему о непреодолимых затруднениях в выполнении этого плана, но был уверен, что достаточно очень сильно верить в Бога, и он расчистит путь для угодных ему предприятий. Альба возражал, что это будет неправильная война в неправильном месте в неправильное время, и добавил: «Даже если основные средства должны поступить от Господа, как Ваше Величество очень добродетельно и благочестиво предположило, тем не менее, поскольку Он обычно действует посредством ресурсов, которые Он даёт людям, кажется необходимым оценить, какие ресурсы потребуются людям, чтобы исполнить Его желания». Король на некоторое время согласился, но летом 1571 г. сообщил Альбе, что всего 6000 солдат из Нидерландов под предводительством самого герцога легко смогут убить или захватить Елизавету и отдать трон Марии, поскольку это дело Господа и Господь просветит их и поможет, так что у них всё получится. Альба в ответ откровенно ответил, что не собирается ничего готовить. Такие письма и летали туда-сюда (- Наше дело правое! - С места не сдвинусь. - Помощь Господа лучше десятка терций! - Денег нет. - Не надо думать, надо верить! - Не получается.), пока Елизавета не поместила Марию Стюарт под стражу.
Альба о Варфоломеевской ночи, спасшей Нидерланды от французского вторжения: «События в Париже и Франции чудесны, и действительно показывают, что Господу было угодно изменить и иначе устроить всё таким образом, который, как Он знает, поможет сохранению истинной Церкви и продвижению священного служения Ему и Его славе. И, кроме того, в настоящей ситуации эти события не могли произойти в лучшее время для дел короля, нашего господина, за что мы не сможем достаточно отблагодарить доброту Господа».
В тот момент, когда необходимо было послать войска из Ломбардии в Нидерланды герцог Альба оказался единственным кандидатом на командование ими, несмотря на то, что ему было 60 лет, и в то время он лежал без движения из-за подагры.
Герцогу были даны детальные инструкции, по которым он должен был поступать, пока не прибудет король, который изначально собирался достичь Нидерландов вскоре после войск (тем самым всё дурное было бы на счету герцога, а король явился бы, как миротворец). Альбе было приказано не спугнуть Оранского арестами других, чтобы он чувствовал себя в безопасности и вернулся в провинции. Герцогу также сразу было сказано, что все деньги ушли на переброску терций в Нидерланды, а на месте платить жалованье им и дополнительно завербованным наёмникам надо будет из местных ресурсов, хотя герцог и был против сбора Десятого Пенни. По приходу в Нидерланды герцог первые две недели действительно вёл себя тихо, но затем он внезапно арестовал Эгмонта, Горна и всех их сторонников, до кого сумел дотянуться. Герцог был особенно доволен тем, что сумел арестовать их по обвинению в измене, караемой смертью. Филипп, узнав об арестах, приказал как можно быстрее провести суд.
Когда герцог навёл порядок в Нидерландах и разбил вторжение наёмников Оранского, он попросил разрешения вернуться в Испанию. Король ответил, что всё сделано в лучшем виде, но если Альба уедет, а проблемы вернутся, то это опорочит его достижения и причинит герцогу много скорби и сожалений. Тем не менее, король выражал понимание, что здоровье вынуждает герцога просить отдыха, и оставлял вопрос на его усмотрение. После такого письма герцог не смог уехать.
За время пребывания в Англии в 1550-х гг. Альба успел создать там свою разведывательную сеть, и в будущем Филипп вынужден был полагаться на его агентов, хотя герцог и был против планов по свержению Елизаветы.
Главной ошибкой Альбы в ходе подавления Мятежа, возможно, было то, что он отказался обсуждать сдачу Гарлема и потребовал полной и безоговорочной капитуляции. При этом у Альбы уже не было достаточно войск для осады, а на дворе стоял декабрь. Осада сильно задержала его войска, став первым примером упорного сопротивления мятежников. После был осаждён Алкмар. «Я не думаю, что это будет трудным предприятием», похвастался герцог. Он опять отклонил предложение обсудить сдачу и потребовал капитуляции. Алкмарцы отказались. Город взять так и не удалось. Так упрямство и хвастовство привели герцога к первому серьёзному поражению и лишили шанса на быстрое окончание Мятежа.
Король в итоге приказал Альбе заключать мир практически любой ценой. Шла война с турками, и Венеция заключила с ними сепаратный мир.
Луис де Рекесенс, прибыв сменить Альбу, писал королю, что Альба и его сторонники видят Мятеж прежде всего как религиозный, и считают, что его нельзя закончить компромиссом, а большинство нидерландцев считают наоборот, и говорят, что очень мало мятежников действовали по религиозным причинам, а не из-за дурного обращения во всём, особенно из-за размещения войск и введения Десятого Пенни. Он заключил, что решение лежит в доброте и хорошем управлении.
В португальской кампании Альба порой действовал так же, как в Нидерландах. Когда его войска разграбили взятый Кашкайш, король пришёл в ярость. Он приказал герцогу удостовериться, чтобы не был так же разграблен Лиссабон. В дальнейшем, когда второй претендент на трон дон Антониу бежал, Альба сказал, что это ничего не значит. Король ответил, что так же Альба говорил и про Оранского, а потому нельзя успокаиваться, пока Антониу не захватят живым или мёртвым.
Перевод фрагмента книги Джеффри Паркера о Филиппе II, выполнил Antoin.