Пиксельное вязание называют еще вышивкой крючком,так как один квадратик соответствует одному крестику в вышивке .

Поэтому любая схема для вышивки подойдет для такого вязания. Все зависит от вашего выбора.
Соединять квадратики можно в процессе вязания или сшить иголкой.