История тракененской породы лошадей плотно переплетается с историей взаимоотношений Пруссии (Германии) с Россией (СССР).

Ещё рыцари-тевтонцы, завоевавшие земли будущей Восточной Пруссии в XIII веке, заложили семена этой породы. Они скрещивали выносливых жмудских кобылиц с изящными жеребцами восточных кровей.
В 1732 году в местечке Тракенен Восточной Пруссии после кропотливой работы по осушению болотистой местности, устройства полей и пастбищ, строительства специальных конных заведений, по указу Фридриха Вильгельма I был открыт королевский конный завод «Тракенен».
Основой завода стали кобылы, выведенные с Востока, которых случали с жеребцами различных пород, среди которых были и английские, и арабские, и испанские, и даже русские жеребцы.
Точкой окончательного формирования и направленной селекции тракененской породы можно считать 1787 г., когда тракененский завод посетил граф Ленденау, назначенный Фридрихом Вильгельмом II главным шталмейстером. Граф провел жесткую выбраковку жеребцов и маток. Оставленных в заводе кобыл он повелел крыть исключительно чистокровными английскими и арабскими жеребцами, причем представители этих пород должны были быть лучшими из лучших, чтобы стать производителями. Граф Линденау поставил перед заводом цель – улучшить всё коннозаводство в Пруссии.
В 1787 году тракененская лошадь получила отличительную пометку – тавро в виде рога лося с семью отростками. Клеймили правое бедро.
После поражения в Первой мировой войне Германия была лишена права содержать кавалерию, и перед заводчиками встала новая задача: вывести лошадей, ориентированных на использование в сельскохозяйственных трудах. Кроме того, велась работа над выведением хороших спортсменов. В результате эти лошади отлично показали себя на Берлинской Олимпиаде 1936 года, заняв первое и второе места в выездке.
Вторая Мировая Война едва не стерла с лица земли эту породу. Бомбардировки Кенигсберга и Тракенена привели к гибели значительной части поголовья. Те лошади, что не погибли в период военных действий, стали трофеем Советской армии. Совсем небольшая часть питомцев завода: 28 кобыл и 60 голов молодняка, - была эвакуирована в Западную Германию.
Трекененские лошади в 1945 г. были вывезены в конный завод имени С. М. Кирова, в котором по сей день занимаются разведением этой породы. Лошади, прибывшие в завод, были истощены и больны, однако благодаря самоотверженному труду работников конного завода, большая часть поголовья пришла в удовлетворительное состояние.
В 1948 г. в Германии был основан Союз коневодов и друзей тракененской лошади , который сохранил за собой право таврения лошадей двойным рогом лося на левом бедре.
Очередной удар по породе пришелся на 1991 г., когда из-за распада СССР единое поголовье тракенских лошадей стало разобщенным по бывшим союзным республикам. Прервались связи с коневодами других стран.
Ситуацию по возобновлению, восстановлению и развитию международных связей с коневодами и любителями тракененской породы в свои руки взяли Всероссийский научно-исследовательский институт коневодства и Ассоциация тракененского коннозаводства России.
Тракененские лошади, рожденные в России, широко зарекомендовали себя в олимпийских видах конного спорта не только внутри страны, но и за ее пределами. Высокие достижения российских тракенов в конном спорте по достоинству оценены немецкими специалистами. По утверждению экспертов русский тракен сейчас пользуется большей популярностью, нежели немецкий.