Листы ознакомления с приказом об исполнении обязанностей будут подшиваться в одно дело с приказом, или при обработке их нужно изъять?

Листы ознакомления с приказами следует формировать и хранить вместе с приказами, если в листе ознакомления указано что он является приложением к приказу.
Подробнее https://archivexpert.ru/faq/listy-oznakomleniya-s-prikazom-ob-ispolnenii-obyazannostej-budut-podshivatsya-v-odno-delo-s-prikazom-ili-pri-obrabotke-ih-nuzhno-izyat/