Средиземье населено совершенно обычными земными животными и растениями.

Из диких животных упоминаются медведи, лисы, олени, лани. В хозяйстве жители Средиземья используют лошадей и пони. Наиболее распространённые аграрные культуры — пшеница, рожь, ячмень, разнообразные корнеплоды (в частности, картофель), табак и др. В землях Гондора культивируется виноград.
Из неизвестных на Земле растений упоминаются: мэллирн (гигантские деревья, из которых состоит лес Лотлориен), ацелас (королевский лист — целебное растение, которое, по преданию, дунэдайн принесли с собой из Нуменора), Белое Древо Нимлот (потомок светоносного Телпериона, Древнейшего из Дерев), являющееся государственным символом Гондора и вышитое Арвен на знамени Арагорна Эллесара.
Некоторые животные (и даже растения) Средиземья наделены даром речи. Например, чёрный дрозд в «Хоббите» прекрасно понимает человеческую речь, а лучник Бард из Эсгарота, в свою очередь, понимает стрекот дрозда. Упоминается, что это умение передалось Барду по наследству — другие персонажи дрозда не понимали. Зато ворон Роак не только понимает речь, но и говорит с хоббитами и гномами на вестроне. Кроме того, даром речи владеют гигантские орлы, живущие в восточных отрогах Мглистых Гор. На вестроне общаются и гигантские пауки, обитающие в Лихолесье. На Чёрном наречии также могли говорить волколаки.[источник не указан 1689 дней]
Из растений, обладавших даром речи, наиболее известен Старый Вяз (англ. Old Man Willow), чуть было не погубивший Перегрина Тука и Мериадока Брендибэка, который пригрозил перекусить обоих, если их товарищи (Фродо и Сэм) не уберут огонь от его корней. Кроме того, Старый Вяз обладает даром гипноза.