Боярыня Морозова была противницей реформ патриарха Никона, тесно общалась с апологетом старообрядчества — протопопом Аввакумом. Феодосия Морозова занималась благотворительностью, принимала у себя в доме странников, нищих и юродивых. Оставшись в тридцать лет вдовой, она «усмиряла плоть», нося власяницу. Однако Аввакум попрекал молодую вдову, что она недостаточно «смиряет» свою плоть и писал ей «Глупая, безумная, безобразная, выколи глазища те свои челноком, что и Мастридия» (призывая по примеру преподобной Мастридии, чтобы избавиться от любовных соблазнов, выколоть себе глаза). Домашние молитвы Морозова совершала «по древним обрядам», а её московский дом служил пристанищем для гонимых властью староверов. Царь Алексей Михайлович, всецело поддерживающий церковные реформы, пытался повлиять на боярыню через её родственников и окружение, а также отбирая и возвращая поместья из её вотчины. От решительных действий царя удерживало высокое положение Морозовой и заступничество царицы Марии Ильиничны. После тайного пострига в монахини под именем Феодоры, состоявшегося согласно старообрядческим преданиям 6 декабря 1670 года, Морозова стала удаляться от церковных и светских мероприятий.Под предлогом болезни она 22 января 1671 года отказалась от участия в свадьбе царя Алексея Михайловича и Натальи Нарышкиной. Отказ вызвал гнев царя, он направил к ней боярина Троекурова с уговорами принять церковную реформу, а позднее и князя Урусова, мужа её сестры. Морозова обоим ответила решительным отказом. В ночь на 14 ноября 1671 года в дом Морозовой по приказу царя пришёл архимандрит Чудового монастыря Иоаким (впоследствии Патриарх Московский) и думный дьяк Иларион Иванов. Они провели допрос Феодосии и её сестры (чтобы выказать своё презрение к пришедшим, сёстры легли в постели и лежа отвечали на вопросы). После допроса сестёр заковали в кандалы, но оставили под домашним арестом. Через несколько дней Феодосия была перевезена в Чудов монастырь, откуда после допросов её перевезли на подворье Псково-Печерского монастыря. Имущество Морозовой было конфисковано в царскую казну, а двое её братьев сосланы. В конце 1674 года боярыня Морозова, её сестра Евдокия Урусова и их сподвижница жена стрелецкого полковника Мария Данилова были приведены на Ямской двор, где пытками на дыбе их пытались переубедить в верности старообрядчеству. Согласно житию Морозовой, в это время уже был готов костёр для её сожжения, но Феодосию спасло заступничество бояр, возмущённых возможностью казни представительницы одного из шестнадцати высших аристократических семейств Московского государства.Также за Феодосию заступилась сестра царя Алексея Михайловича царевна Ирина Михайловна. По распоряжению Алексея Михайловича она сама и её сестра, княгиня Урусова, высланы в Боровск, где были заточены в земляную тюрьму в Пафнутьево-Боровском монастыре, а 14 их слуг за принадлежность к старой вере в конце июня 1675 года сожгли в срубе. Евдокия Урусова скончалась 11 сентября 1675 года от полного истощения. Феодосия Морозова также была уморена голодом и, попросив перед смертью своего тюремщика вымыть в реке свою рубаху, чтобы умереть в чистой сорочке, скончалась 1 ноября 1675 года.