Винкс 3D: Алфея празднует начало нового учебного года, когда вечеринку прерывают коварные Трикс.

Винкс приходится без Блум сражаться с ведьмами, которым удается украсть некий мощный магический артефакт.
Тем временем Блум на Домино переживает лучшие моменты своей новой жизни, как принцесса. Она наконец нашла своих родителей, и Скай сделал ей предложение. Но не всё то золото, что блестит; три ведьмы-прародительницы вернулись к преследованию клуба Винкс. Кроме того, Эрендор, отец Ская, запрещает сыну жениться на принцессе Домино. Темный секрет лежит в Эраклионе.
Между тем, с помощью Трикс, древние ведьмы нашли Древо Жизни, которое содержит положительные и отрицательные стороны магии. С помощью мощного заклинания, они нарушают этот баланс, и высасывают всю хорошую энергию из Магикса. Блум и ее друзья вынуждены вновь противостоять ведьмам, уже ставшим символами зла. Смогут ли наши герои найти способ, чтобы восстановить баланс в Волшебном измерении? И в чем же секрет, разделяющий Ская и Блум? Переживет ли их любовь новое испытание? С весёлыми шутками и новым волшебством, Винкс возвращаются, чтобы летать…