Если на страницу указывает сотня ссылок, половина из которых содержит www, а другая половина не содержит, то входящие ссылки будут вести на два совершенно разных URL-адреса, и в результате их вес будет тоже разделяться.

Это же может привести к проблеме дублирования контента, т.е. появлению одного и того же текста на большом количестве веб-страниц.