Обновленная Audi A6 была представлена в 1997 году.

Автомобиль получил новую платформу С5 и новый кузов разработанный дизайнерами Audi под руководством Петера Шрайера. Новый стиль автомобиля стал фирменным лицом всей линейки автомобилей Audi. Новый кузов заслужил лестные отзывы за свой дизайн, и позволил Audi A6 иметь очень низкий коэффициент лобового сопротивления для автомобилей своего класса 0,28.
Всё это позволило конкурировать A6 с лидерами в своём классе BMW 5-Series и Mercedes-Benz E-Class, а журнал Car and Driver включал Audi A6 в десятку лучших автомобилей в 2000 и 2001 годах. Также выпускались спортивные модификации Audi S6 с двигателем 4,2 л. и более мощная модификация Audi RS6 с двигателем 4,2 л. с двумя турбонагнетателями мощностью 450 л. с.
Так же была выпущена ограниченная серия Audi RS6 plus с двигателем 4,2 л. с двумя турбонагнетателями с увеличенной мощностью 480 л.с. , модификация RS6 plus была доступна только в кузове универсал.