По официальным данным расследования, предпринятого азербайджанским парламентом, в результате этой трагедии погибло (включая замёрзших в пути) 485 человек.

По мнению Тома де Ваала, эти данные наиболее достоверны[2].
«Мемориал» сообщает, что
«в течение четырёх дней в Агдам было вывезено около 200 тел. Несколько десятков трупов имели следы глумления. Врачами санитарного поезда г. Агдама зафиксировано не менее четырёх скальпированных тел, одно тело с отрезанной головой. В Агдаме была проведена государственная судебно-медицинская экспертиза 181 тела (130 мужского пола, 51 женского пола, в том числе 13 детей); из заключений экспертов следует, что причиной смерти 151 человека были пулевые ранения, 20 человек — осколочные ранения, 10 человек — удары тупым предметом. Кроме того судмедэкспертиза ряда тел, доставленных из района Ходжалы, была произведена в Баку.»