На этот неочевидный вопрос ответили в комитете по образованию Мингорисполкома.

Оказывается, ученикам с освобождением от физры все равно нужно обязательно купить сменную спортивную обувь, так как находиться в школьном спортзале можно только в ней.
При этом спортивную форму покупать не требуется.
Источник: https://t.me/uchitelstolicy/55580