Часто эти грызуны селятся на выпасах и "тырлах" -- местах стоянки скота с сильно выбитой травой, где высокостойные злаки уступают место низкорослой полупустынной растительности. Живут они оседло на небольшой территории колониями. Зверьки постоянно общаются друг с другом, кормятся на одних и тех же участках, при опасности забегают в одни и те же норки, оказавшиеся ближе всего. Вместе с тем, каждый взрослый зверек имеет свой индивидуальный участок, в центре которого находится его летняя резиденция. При низкой численности границы участков обозначены пахучими метками. Когда же плотность населения велика, участки уменьшаются, перекрываются, часто выделить их просто невозможно.

Норы сусликов имеют сравнительно простое строение, но круто уходят на значительную глубину (до 2-3 м при длине хода 3-8 м)(1). Основные части норы — это наклонный ход с выбросом земли, короткая горизонтальная часть с гнездовой камерой и тупиками-отнорками и, наконец, вертикальный ход, который зверек выкапывает изнутри. Для входа в нору суслик обычно использует какой-то один ход, наклонный или вертикальный.

На зиму вход в наклонный коридор закупоривается земляной пробкой. Весной пробудившийся суслик выходит на поверхность, раскапывая вертикальный ход, и лишь через 3—4 дня после пробуждения хозяин норы снаружи раскапывает пробку наклонного хода. Старых, занятых десятилетиями норах количество ходов порой доходит до 30—40 (обычно их 12—15). В спячку впадает в конце июня и вновь появляется только в конце марта. Спящий суслик не может быстро проснуться и совершенно беззащитен перед врагами, даже перед мелкими грызунами. Защищает его только земляная пробка, которой забит вход в нору. От зимовочной камеры поднимается вертикальная "вентиляционная шахта", которая немного не доходит до поверхности. Весной зверек покидает нору через этот вертикальный ход.

Весной истощавшие зверьки большую часть светлого времени суток проводят вне норы, кормясь. При наступлении жары, когда к середине дня почва и приземный слой воздуха под прямыми лучами солнца накаляются, взрослые зверьки активны только утром, а молодежь также когда спадает дневная жара. Гон начинается через несколько дней после пробуждения, в это время самцы непрерывно гоняются за самками и дерутся с конкурентами. Самки избегают контактов, скрываясь в норах, где и происходит спаривание. Через 22—26 дней беременности самка рожает 5—9 детёнышей, однако эмбрионов у неё бывает до 15 — в неблагоприятных условиях часть зародышей прекращает развитие и рассасывается. Масса новорожденного 3,5—4 г; в 3 недели — уже около 25 г. На 15—16-й день жизни суслёнок покрывается тёмным в крапинку мехом. В возрасте 20—25 дней суслята начинают выходить из норы и постепенно привыкают к питанию растительными кормами.

Малые суслики редко живут более 3 лет. Основными причинами смертности малого суслика являются поздняя и затяжная весна, летние засухи, влияние человека, хищники и эпизоотии. Среди млекопитающих основными врагами малого суслика являются лисица, корсак, степной хорёк, перевязка. Из пернатых хищников основными врагами малого суслика являются орлы: степной орёл и орёл-могильник, в питании которых суслики играют первостепенную роль. Уничтожают их также курганник, чёрный коршун, луни, балобан, совы; на молодых нападают сороки и вороны. Малый суслик нелюбим хлеборобами за большой урон, который они наносят зерновым культурам. Повреждают грызуны также огородные и бахчевые посадки, посевы многолетних трав, на полезащитных полосах губят саженцы и сеянцы древесных пород. Поэтому с этим сусликом борются всеми возможными средствами, главным образом разбрасывая отравленные зерновые приманки. К сожалению, такой способ борьбы имеет неприятные побочные последствия: зверек, съев отравленного зерна, становится малоподвижным, его ловит пернатый хищник -- и нередко погибает от отравы, предназначенной вовсе не для него. Поэтому необходимо разрабатывать иные меры защиты растений от этих грызунов.