Почему в Санкт-Петербурге - Губернатор, а в Москве - Мэр?

По закону полномочия глав субъектов Российской Федерации равны, а названия должностей регулируются региональным законодательством. Поэтому высшие государственные должности в разных субъектах РФ именуются по-разному: президент республики, глава республики, губернатор края (области, автономной области, города) и т.д.
Должность мэра в Москве и Санкт-Петербурге была учреждена в 1991 году. В Санкт-Петербурге она просуществовала до 1996 года, после этого глава города стал "губернатором". С 2014 года в России есть еще один город федерального значения, возглавляемый губернатором - Севастополь.
В Москве название должности градоначальника не изменялось. Мэр Москвы, как и Губернатор Санкт-Петербурга, избирается всеобщим голосованием на 5-летний срок. Выборы Мэра Москвы пройдут в единый день голосования 9 сентября 2018 года.