Гвоздика (цветок) так называется потому как внешне она очень похожа на бутончики пряности гвоздики, а не наоборот.

А гвоздику пряность называют "гвоздикой" из-за сходства с гвоздями.
Кстати, в немецком языке этот цветок получил свое название за сходство запаха с запахом пряности, которое заметили лавочники.