Является опасным сорняком, особенно для южных районов, где засоряет все посевы. Сильно засоряет посевы ржи, овса, яровой и озимой пшеницы и другие посевы, а также виноградники. Мелкие членики бобов засоряют зерно хлебных злаков и с трудом от них отделяются, т.к. слабо отличаются от него по величине и форме.

Меры борьбы с секироплодником разноцветным направлены на истощение корневищ путем глубокой вспашки на паровых полях, междурядной обработки в пропашных культурах и химической прополки при необходимости.