Рафаэль — самый настырный и агрессивный из черепах - маньяк, анархист, хулиган — так его многие характеризуют.

Его назвали в честь Рафаэля Санти — художника времен Возрождения. Носит красную бандану. Его любимое оружие пара «сай» — колющее холодное оружие (напоминает трезубец, некоторые привыкли называть «вилки»), так же зачастую пользуется сюрикэнами («звездочки»).
Прозвища — Раф, Горячая Голова, Рафаэль-сан, Ночной стаж, Ночной Всевидящий.
Знак Зодиака: Рак
Рост: 1м 57см
Вес: 82 кг
Цвет глаз: Карий
Профессия: «Темперамент» Черепашей Команды
Оружие: Саи
Хобби: Борьба, хоккей, гольф
Любимый цвет: Красный
Любимая еда: Печёности
Любимая книга: «Парк Юрского периода» Майкла Кричтона
Любимая музыка: Рэп, металл, панк
Рафаэль вырос в канализации с тремя своими братьями, в роли отца и сэнсэя, который обучал их искусству ниндзя, выступала мутировавшая крыса Сплинтер.
Долгие годы черепахи не выходили на поверхность, пока не достигли мастерства ниндзя и определенного возраста. Черепахи выступали в роли защитников города, от клана «Ноги» которым руководил Шреддер старый противник Сплинтера. Первым человеком и другом черепах становится Эйприл О'Нил которую они спасли от роботов — маузеров. Вторым человеком посетившим жилище черепах становится друг Рафа — мститель в маске Кейси Джонс.
Рафаэль не уверен в том, чего он хочет от жизни, и каким именно образом он этого хочет. Эта бесцельность является причиной его отчаяния и злости, часто независимо от его желания выплескиваемой на других. Он хочет быть контролируемым и дисциплинированным как Лео, миролюбивым и интеллектуальным как Дон, артистичным как Майк, но у него нет всего этого, и это очень его обижает. Он хочет жить абсолютно свободно, как люди.
Он слишком жестоко расправляется с врагами, сразу лезет в драку, не стараясь разобраться, что-зачем-куда и как. Непослушный, хотя лучше выразиться: самостоятельный. Любит всё делать сам и только сам. И только когда он осознаёт, что не может сделать что-то сам, вот тогда-то и зовёт на помощь, — причём, в основном, Кейси Джонса.
Рафаэль всегда в центре внимания, он никогда не сидит на месте. Свою маниакальность в борьбе со злом даже сам не может контролировать. Ревнует сэнсэя Сплинтера к Леонардо, так как тот уделяет ему больше времени чем ему.
В детстве у Рафа были проблемы с равновесием и он чертовски боялся высоты.
Раф терпеть не может Леонардо своего брата лидера, поэтому зачастую с ним контактирует. Его склочный характер не каждый может выдержать. Истинный друг Рафаэля — Кейси Джонс (мститель в хоккейной маске) — их объединяет одно — жажда очистить город от преступников.
Мастерство Рафа:
Хорошо тренирован в ниндзюцу
Высокая скорость и сила
Мастер кобудо
Мастер скрытного проникновения
Мастер владения двойными сай
Когда начинается война с кланом «ноги» и Шреддером, черепахи должны отступить на ферму бабушки Кейси. Там старший брал Дона Леонардо восстанавливает свои душевные и физические раны, полученные после боя с ниндзями Шреддера.
Вскоре Рафаэль требует возвращения черепах в Нью-Йорк для борьбы с кланом «ноги» и Шреддером, обвинив в трусости Леонардо. Двое начали спорить, и вскоре дошло до драки. Рафаэль возвращается в Нью-Йорк и пытается сам противостоять клану. Донателло, Микеланджело и Леонардо возвращаются в след за Рафом. Четыре Черепахи решают отомстить. Они разрабатывают план и проникают в штаб-квартиру клана, в котором Рафаэль уходит сам противостоять Шреддеру, но натыкается на элиту клана. После спасения Рафаэля он соглашается и отдаёт Ороку Саки Лео. В битве со Шреддером Леонардо убил его, отрубив ему голову.
Война на этом не заканчивается, начинается вражда между различными группировками клана. Леонардо говорит, что устал от постоянной борьбы клана «ноги» и хочет решить эту проблему окончательно. К Черепахам обращается Караи — лидер клана в Японии, которая прибыла в Нью-Йорк, чтобы объединить клан. Она хочет предложить перемирие между кланом «Ноги», и черепахами, если они помогут ей убить главу элиты клана, которые являются серьезным препятствием на пути ее примирения. Леонардо уговаривает своих братьев принять предложение Караи, и все четыре черепахи помогают Караи ликвидировать элиту.
Когда черепахи решают жить отдельно друг от друга, Рафаэль в качестве жилища выбирает собор, в то время как Леонардо обосновывается в канализации, Микеланджело поселяется у Эйприл и Кейси, а Донателло отправляется жить на ферму бабушки Кейси, в Нортхемптон.
Вскоре, черепахам предстоит объединиться, чтобы сразиться с Бакстером Стокманом, который пересадил свой мозг в тело киборга и напал на Эйприл, чтобы отомстить ей за предательство. Во время одной из схваток со Стокманом, Рафаэль оказывается на краю гибели, когда Бакстер сбрасывает оглушённого Рафаэля с крыши. Его находит секретная организация Д.А.Р.П.А, и они отправляют его в лабораторию на исследования. Но с помощью Луиса Браунза - бывшего сотрудника Д.А.Р.П.А, черепахам удается спасти своего брата.
Когда Лео по совету мастера Сплинтера отправляется в Африку, оттачивать свое мастерство и лидерство. Черепашья жизнь становится однообразной. Майки днями напролет поглощает пиццу и смотри тв, Дон что-то изобретает, а Рафаэль становится Ночным Всевидящий, он надевает железную маску и вместе с Джонсом ловит воров и преступников, так как черепахи не желают действовать без своего лидера.
Эйприл нанимает миллиардер Винтерс который хотел найти древние артефакты. Именно из-за него, по Нью-Йорку начинают бродить монстры. Вскоре, после появления монстров на улицах, Леонардо возвращается, злость Рафаэля растет. Рафаэль, потеряв над собой контроль, ломает мечи Лео и побеждает его в драке, едва не покалечив. Вовремя придя в себя, Рафаэль убегает прочь, а Лео похищают каменные генералы Макса Винтерса, стремящиеся помешать своему хозяину исправить ошибки и обрести покой. Услышав крики Лео, Раф бросается на выручку, но ему не удается спасти своего брата.
Рафаэль возвращается в убежище и рассказывает обо всем Сплинтеру, который успокаивает его тем, что он также дорог ему, как и все его сыновья и просит их выручить Лео. Собравшись силами, черепахи вместе с Кейси и Эйприл врываются в резиденцию Винтерса, где они наталкиваются на полчища клана Фут во главе с Караи, которые готовы защищать своего нанимателя любой ценой. Узнав о том, что Винтерса предали его генералы, подсунув вместо тринадцатого монстра Леонардо, Караи соглашается помочь черепахам в их деле и отыскать последнего монстра. Вместе с Кейси и Эйприл, клан отправляется на поиски тринадцатого монстра и вскоре им удается его найти и заманить в портал и тем самым сорвать планы каменных генералов, а также помочь Винтерсу, спустя тысячи лет, обрести покой. После трудного сражения черепахи отправляются домой, а Рафаэль решает покончить с карьерой Ночного Всевидящего и ставит свой шлем на полку трофеев.
У Рафаэля была возлюбленная — Ниньяра, королева лис, но ему с ней пришлось расстаться.
— Неужели ты не понимаешь? Даже если Ниньяра согласится остаться со мной до конца своих дней, ты сам не хуже меня знаешь, что произойдёт. Мы черепахи. А черепахи живут долго, намного дольше млекопитающих. Я переживу Ниньяру по меньшей мере на четыреста лет.
— Но с тобой останутся братья.
— Великолепно! И мы вместе будем смотреть, как гибнет мир.