Если арендодатель по договору аренды с правом выкупа является собственником участка, на котором расположена недвижимость, или стал им на момент внесения всех арендных платежей, то к арендатору переходит право собственности не только на объекты, но и на участок.

И поскольку принадлежащие одному собственнику объекты не могут выступать в обороте раздельно, нет оснований для регистрации перехода права собственности на недвижимость отдельно от права на землю.
Рассматриваем случай из судебной практики Верховного Суда:
Организации заключили договор аренды с правом выкупа пяти нежилых объектов, по которому арендодатель должен был оформить на себя право собственности на участок и передать в Росреестр документацию для перерегистрации права собственности на арендатора.
Арендодатель приобрел участок в собственность, однако вместе с тем предложил арендатору включить его в договор аренды (рассчитав оплату не только за здания, но и за землю).
Ссылаясь на то, что арендодатель не направил документы в Росреестр, арендатор обратился в суд с иском о регистрации перехода к нему права собственности на арендуемые объекты и участок. Арендатор также указал, что при заключении договора стороны исходили из того, что выкупная стоимость недвижимости уже включает цену участка.
Суд первой инстанции в иске отказал, но Верховный суд отменил решение, и направил дело на новое рассмотрение по следующим основаниям.
В Земельном кодексе закреплен принцип единства судьбы земельного участка и прочно связанных с ним объектов недвижимости. Отчуждение объектов, находящихся на участке и принадлежащих одному лицу, проводится вместе с землей.
Поскольку на момент внесения последнего выкупного платежа арендодатель стал собственником участка, у арендатора появилось право требовать от арендодателя осуществить действия по регистрации перехода права собственности на спорное имущество. Не имеет значения то обстоятельство, что на момент заключения договора аренды арендодатель еще не был собственником участка, поскольку на дату выкупа он им стал.
Согласно ст. 555 ГК РФ, установленная цена недвижимости, находящейся на участке, включает цену передаваемой с этим недвижимостью участка.
Определение Верховного Суда № 303-ЭС15-13807