Скважины подвержены заиливанию — процессу скопления песка, глины и других мелких частиц на дне, что приводит к попаданию мусора в насос и снижению напора воды. Причины заиливания включают размер и вес частиц, скорость потока воды, тип насоса, забор воды, частоту использования и коррозию фильтров.

Для песчаных скважин рекомендуется использовать насосы малой мощности, которые благодаря вибрации встряхивают фильтры и предотвращают их засорение. Для глубоких скважин требуются более мощные центробежные насосы.

Для очистки скважины можно использовать вибрационные насосы, водяные помпы, инжекторные пистолеты и специальные аппаратные машины. Для предотвращения заиливания рекомендуется регулярно пользоваться водой или прокачивать скважину, запуская насос в работу.

Скважины с правильно подобранными фильтрами из труб нПВХ с ПВД-напылением прослужат более 20 лет и не будут заиливаться. Артезианские скважины, пробуренные в твёрдом известняке, не загрязняются и не заиливаются, обеспечивая качественное водоснабжение на протяжении 50 лет.