Дивизия в составе 9-й армии Южного фронта участвовала в приграничном сражении в Молдавии и, занимая оборону по реке Прут, отражала наступление немецких и румынских войск. В дальнейшем участвовала в Тираспольско-Мелитопольской оборонительной, Донбасской оборонительной и Ростовской наступательной операциях. С июля 1942 года — исполняющий должность командующего 24-й армией Южного фронта. Армия под командованием В. Н. Марцинкевича успешно выполнила задачу по обеспечению отхода армий Южного фронта за реку Дон. В августе 1942 года назначен командующим 9-й армией Закавказского фронта. В Битве за Кавказ армия занимала оборону по реке Терек на рубеже от города Грозный до устья реки Урух. В ходе оборонительных боевых действий за «непринятие решительных мер по уничтожению прорвавшейся группировки»[2] был 28 августа от должности отстранён. В октябре 1942 года назначен командиром 229-й стрелковой дивизии Московской зоны обороны, которая в январе 1943 года передана в 52-ю армию Волховского фронта. В ходе форсирования реки Волхов на новгородском направлении тяжело заболел и был госпитализирован. После излечения, с июля 1943 года, находился в резерве Ставки ВГК, одновременно проходил обучение на курсах при Высшей военной академии имени К. Е. Ворошилова. После окончания курсов в апреле 1944 года направлен в распоряжение Военного совета 2-го Белорусского фронта и 24 апреля был назначен командиром 134-й стрелковой дивизии, которая в составе 61-го стрелкового корпуса 69-й армии оборонялась юго-восточнее города Ковель. Под руководством генерал-майора Марцинкевича дивизия отличилась в ходе Люблин-Брестской наступательной операции. Прорвав оборону противника, она совместно с другими соединениями армии продвинулась до 70 км и с ходу форсировала реку Западный Буг. В этих боях В. Н. Марцинкевич проявил себя энергичным, решительным и опытным командиром.[2] В дальнейшем продолжая наступление, дивизия вышла к реке Висла, форсировала её и захватила плацдарм южнее города Пулавы. В ожесточённых боях за расширение плацдарма Владимир Николаевич Марцинкевич погиб. Похоронен в Луцке в братской могиле. В 1977 году на месте захоронения В. Н. Марцинкевича и ещё нескольких сотен воинов, павших в боях с фашизмом, возведён Мемориальный комплекс Славы[3]. 6 апреля 1945 года указом Президиума Верховного Совета СССР за образцовое выполнение боевых заданий командования на фронте борьбы с немецкими захватчиками и проявленные при этом отвагу и геройство генерал-майору Марцинкевичу Владимиру Николаевичу посмертно присвоено звание Героя Советского Союза.