Баргузинский биосферный заповедник расположен на восточном берегу Байкала, ближе к северной его части.

Он спускается со склонов Баргузинского хребта к озеру, захватывая полосу суши шириной от 30 километров на юге до 70 километров на севере.
На юге заповедник граничит с Забайкальским национальным парком; на севере между ним и Фролихинским заказником есть небольшой участок, не входящий в заповедную систему. В этой маленькой буферной зоне находятся известные минеральные источники Хакусы и одноименная база отдыха.
Главной задачей учрежденного Баргузинского заповедника было сохранение и увеличение численности соболя. Тогда их на территории заповедника было всего 20-30 особей. Сейчас же насчитывается по 1-2 особи на каждый квадратный километр, то есть от 4 до 8 тысяч особей.
Кроме соболей, в заповеднике обитают лось, кабарга, заяц-беляк, бурый медведь, бурозубки, черношапочный сурок — всего 41 вид млекопитающих.
В 1996 году территория заповедника полностью вошла в состав объекта Всемирного природного наследия ЮНЕСКО "Озеро Байкал".