2001 был первым годом, когда великолепные показатели R1 оказались перекрыты. Это сделал Suzuki GSX-R1000, весивший почти столько же, но производивший большую мощность и крутящий момент. Этот год также был последним, когда Ямаха использовала в R1 двигатель с карбюраторной системой подачи топлива. В дальнейшем в нём будут использовать систему впрыска топлива.