Происхождение фамилии Шипулин может быть разным:

Географическое происхождение. Фамилия могла быть образована от некоего местечка, деревни или реки, называемых «Шипулы».
Профессиональное происхождение. Фамилия могла возникнуть от слова «шапулин», что в древнерусском языке означает «стелька», «подметка» или «подошва». Это могло указывать на то, что первые носители фамилии Шипулин занимались изготовлением обуви или каким-то другим процессом, связанным с обувным ремеслом.
Прозвище или личное качество. Вариант «шипуля» обозначает в диалектах Рязанской и Тамбовской областей России человека с горбом или склонностью к сутулости. Таким образом, фамилия Шипулин могла возникнуть как прозвище для человека с такой особенностью физического развития.
Национальность фамилии Шипулин может быть разной: в одной трети случаев она имеет русское происхождение, также существует небольшая вероятность, что фамилия белорусского или украинского происхождения, примерно в четверти случаев фамилия произошла из языков народов России (бурятского, мордовского, татарского, башкирского и др.).
Важно отметить, что это всего лишь предположения и не являются подтверждёнными историческими фактами.