Первым боевой счет уничтоженным подводным лодкам противника открыл экипаж катера № 206, которым командовал лейтенант В.Я. Равдугин.
23 июня 1941 г., находясь в дозоре на линии о. Найсаар-Аэгна и выполняя задачу по охране Таллина, моряки зафиксировали перископ подводной лодки. Немедленно была сыграна боевая тревога.
После двух заходов на цель со сбросом глубинных бомб на поверхности появилось масляное пятно, и вскипела буруном темно-желтая смесь - верный признак поражения цели.

В последующем , экипажу катера приходилось выполнять самые различные задачи и одновременно учиться воевать.
Вскоре "двести шестой" был переоборудован в минный заградитель. Только в июле 1941 г. он выходил на минные постановки более десяти раз, сопровождал транспортные корабли, высаживал морской десант, выходил в разведку, выполнял особые задания в тылу врага, участвовал и в других операциях.

Славные победы были и на счету сторожевого корабля "Аметист", которым командовал старший лейтенант А.Л. Сукач.

24 июня 1941 г. корабль вышел в море на поиск и уничтожение подводных лодок противника.
В районе маяка Хара-Лахт сигнальщик Н. Куимов обнаружил бурун от перископа вражеской подводной лодки. Корабль лег на боевой курс.

В преследование включился стоявший наготове в бухте ПК-229 под командованием лейтенанта Г.А. Финютина.
Корабли несколько раз атаковали глубинными бомбами место обнаружения перископа, пока на поверхности не появились буруны пены, масляные пятна.
Лодка пошла ко дну.

В июле 1941 г. на линии маяк Кери, м. Юминда, в скоротечном бою, была уничтожена еще одна подводная лодка. При этом , особо отличились командир "Аметиста" старший лейтенант А.Н. Сукач, его помощник B.C. Лобанов, точно запеленговавший место нахождения вражеской подлодки, минеры Н. Гриценко, А. Косарь, командиры отделений П. Ковалев, Ф. Петров, рулевой И. Гетманский, сигнальщик Н. Куимов.

Об уничтожении подводной лодки врага 27 июля 1941г. сообщило Сов-информбюро.
Одной из задач, к выполнению которой привлекались бывшие моряки-пограничники, являлась постановка минных заграждений на морских коммуникациях врага. Для этой цели , использовались шесть переоборудованных "малых охотников" дивизиона Я.Т. Резниченко.

В ночь на 4 июля МО, под командованием Я.Т. Резниченко , заминировали выходной фарватер порта Хельсинки, несмотря на плотный огонь береговой артиллерии и воздействие авиации противника.

Только за первые месяцы войны было поставлено около 150 мин. "Охотники" полностью подтвердили способность к этой сложной боевой работе. На минах нашли бесславный конец многие неприятельские корабли и суда, в том числе, и финский броненосец "Ильмаринен".

5 августа 1941 г. командование поставило задачу двум катерам сопровождать из Таллина до полуострова Ханко транспорт "Хильда", с боеприпасами для гарнизона военно-морской базы. Возглавил охранение командир катера ПК-221 лейтенант BJC. Яковлев.

Вторым катером (МО-142) командовал лейтенант A.A. Обухов. Через несколько часов после выхода в море, в районе Палдиски, экипаж ПК-221 обнаружил и уничтожил вражескую подводную лодку, пытавшуюся атаковать транспорт. Боеприпасы были своевременно доставлены на базу.
Всем защитникам Моонзунда было хорошо известно имя командира 2-го дивизиона капитан-лейтенанта А.Д. Финочко.

Впервые часы войны, дивизион под его командованием в составе 12 катеров МО принял активное участие в отражении налетов вражеской авиации на город и порт Лиепая. Во время одного из налетов, зенитчики-комендоры сбили фашистский бомбардировщик, открыв боевой счет дивизиона.

24 июня 1941 г., по приказу командования базы, 2-й дивизион, в составе 7 единиц , отошел в порт Вентспилс. При переходе катера подверглись налету десяти немецких самолетов.

Особенно трудно пришлось артиллеристам и пулеметчикам катера, которым командовал старший лейтенант Г.Ф. Минин.
Они отразили одновременную атаку трех "Юнкерсов", повредив один из самолетов врага.

3 сентября 1941 г. два катера, под командованием А.Д. Финочко , возвращались с боевого задания по снятию гарнизона с о. Рухну на о. Сааремаа. Внезапно, катера атаковали вражеские самолеты. На катере, где находились А.Д. Финочко и командование дивизиона, возник пожар, но моряки продолжали бой и в этой чрезвычайно сложной обстановке сумели сбить два самолета.
Однако, из-за пожара катер терял ход, становился удобной мишенью для врага. Огонь подбирался к топливной цистерне. Раненый Финочко находился на мостике. Когда силы оставили его, он приказал рулевому поднять набор флагов "Погибаем, но не сдаемся"...

Глухой взрыв разметал МО. Героически погибли командир дивизиона А.Д. Финочко, комиссар АЛ. Макаров, начальник штаба К.11. Варламов и другие.

В конце августа 1941 г. начались отход и эвакуация войск Таллинского гарнизона и кораблей флота в Кронштадт и Ленинград. Моряки-пограничники участвовали в обеспечении этого героического перехода. Позднее, несколько катеров, входивших в состав 2-го Балтийского отряда погрансудов, вошли в Истребительный отряд Кронштадского ОВРа и принимали активное участие в обороне Ленинграда.

25 мая 1943 г. два бывших пограничных катера МО-207 старшего лейтенанта Н.И. Каплунова и МО-303 лейтенанта В.Г. Титякова, под общим командованием капитан-лейтенанта И.Л.Чернышова, вышли в пролив Бьерке-Зунд для дозора.

13 вражеских катеров сделали попытку прорвать нашу дозорную линию, однако, встретили решительный отпор. Особо отличился, в этом бою , старший лейтенант Н.И. Каплунов. Даже смертельно раненый он продолжал руководить подчиненными и не покинул мостик.

Понеся ощутимые потери, враг не выдержал и, маскируясь дымовой завесой, ушел под прикрытием своих береговых батарей.

Совинформбюро сообщило: "В Финском заливе 13 катеров противника напали на два наших дозорных катера. Советские моряки вступили в бой с численно превосходящими силами врага, потопили два и сильно повредили один катер противника.
Остальные вражеские катера поспешно отошли, наши катера вернулись на базу.

Старший лейтенант Каплунов скончался уже по пути в Кронштадт. Во время боя , он был дважды ранен, но продолжил командовать подчинёнными. По приходу на базу в МО-207 насчитали 6 снарядных и около 30 осколочных пробоин.

Доблесть, самоотверженность и воинское мастерство экипажей МО-207 и МО-303 получили высокую оценку командования КБФ и Верховного Главнокомандования. Капитан-лейтенант И.П. Чернышов ,первым на Балтике, был награжден орденом Александра Невского; орденами Красного Знамени были отмечены лейтенант В.Г. Титяков и старший лейтенант Н.И. Каплунов (посмертно).
Флаг, под которым сражался МО-207, вместе с моделью этого катера хранится в Центральном военно-морском музее.
Экипаж МО-207, по возвращении в пограничные войска , после войны, продолжал с честью выполнять свои обязанности.

Имя Николая Каплунова навечно занесено в списки экипажа. Оно было присвоено и одному из кораблей Краснознаменного Прибалтийского пограничного округа, а в 1995 г. - новому кораблю 2 ранга Калининградской группы Погранвойск РФ.