В декабре 1940 года добровольно ушёл в Красную Армию. В марте 1942 года окончил Батайскую военную авиационную школу пилотов. Рядовым лётчиком Н. М. Скоморохов начал воевать в декабре 1942 года. Воевал в составе 5-й и 17-й воздушных армий на Закавказском, Северо-Кавказском, Юго-Западном и 3-м Украинском фронтах. Принимал участие в обороне и освобождении Кавказа, освобождении Украины, Молдавии, Румынии, Болгарии, Югославии, Венгрии, Чехословакии, разгроме врага на территории Австрии.
Свой боевой счёт Николай открыл в январе 1943 года в одном из вылетов над горами севернее Лазаревской, в котором он обнаружил и сбил самолет-разведчик FW-189.
В боях на Курской дуге Николаю Скоморохову довелось сбить два Ме-109. Один из них в критической, смертельно опасной ситуации, когда ему удалось запустить заглохший в воздухе двигатель и расправиться с уже предвкушавшим лёгкую добычу противником.
Вскоре Николай был назначен командиром звена, стал летать в качестве ведущего группы. Первое же задание во главе четвёрки Ла-5 Н.М. Скоморохов выполнил блестяще и в его личном деле появилась запись: «4.12.1943 года. Выполнял задание на сопровождение группы Ил-2. В районе цели штурмовики были атакованы 8 самолётами Ме-109. Несмотря на численное превосходство противника, Скоморохов смело вступил в бой. Дерзкими атаками, с большим риском для жизни, он расстроил боевые порядки вражеских истребителей, сорвал их замысел и дал возможность "Ильюшиным" полностью выполнить боевое задание. В воздушной схватке Скоморохов лично сбил 2-х «Мессеров», принудив остальных покинуть поле боя.»
В боях за город Будапешт капитан Скоморохов Н. М. сбил 2 самолёта заместителя командира и командира «Бриллиантовой эскадры» - гордости фашистских Люфтваффе!
16 января 1945 года капитан Скоморохов в паре вылетел на свободную охоту. В районе Таряй, северо - западнее Будапешта, лётчики встретили в воздухе 3 группы транспортных самолётов Ju-52 (16 машин) и 38 истребителей прикрытия Ме-109. Двое против 54 ! В результате смелых атак ведущий Н.М. Скоморохов лично сбил 2 Ju-52 и один истребитель, а его ведомый уничтожил ещё 2 машины.
22 февраля 1945 года, за умелое командование эскадрильей, мужество и отвагу, проявленные в боях, капитану Скоморохову Н.М. было присвоено звание Героя Советского Союза.
За время войны Николай Скоморохов был пилотом, старшим пилотом, командиром звена, заместителем командира и командиром эскадрильи. За это время он совершил более 605 боевых вылетов, провёл 143 воздушных боя, сбил лично 46 и в группе 8 самолётов противника, а также уничтожил на земле 3 бомбардировщика. Невероятно, но сам Скоморохов ни разу не был ранен, его самолёт не горел, не был сбит.
18 августа 1945 года, за боевые заслуги проявленные при освобождении Венгрии и Австрии, он был награждён второй медалью "Золотая Звезда".
После войны Н. М. Скоморохов окончил Военную академию имени М. В. Фрунзе. Командовал авиационными частями и соединениями. Летал на разных типах боевых реактивных самолётов. В 1958 году он закончил Военную академию Генерального штаба. В 39 лет стал генералом. В 1973 году был назначен начальником Военно-воздушной академии в Монино. В 1981 году Н. М. Скоморохову было присвоено звание маршала авиации.
Умер 16 октября 1994 года. Похоронен в Москве на Новодевичьем кладбище.